Zwiększa się ilość czynników patogennych i zakażeń pokarmowych w Europie. Zgodnie z artykułem 5 „Umowy o stosowaniu środków fitosanitarnych i weterynaryjnych", zawartej w Marakeszu w 1994 r. w ramach Urugwajskiej Rundy GATT, od członków WTO wymaga się wdrożenia efektywnego i naukowego systemu oceny ryzyka w systemie zapewnienia bezpieczeństwa żywności. Badacze tego problemu proponują czterostopniową analizę oszacowania ryzyka skażenia żywności oraz specjalne klasyfikacje zagrożeń i ryzyka mikrobiologicznego, związanego z produktami i procesami przetwórczymi. Mikrobiologicznemu zanieczyszczeniu surowców można zapobiec stosując odpowiednie postępowanie po zbiorach, szczególnie przestrzegając odpowiednich warunków mycia. Z nowoczesnych metod nietermicznych nie pogarszających cech sensorycznych i wartości żywieniowych należy wymienić stosowanie: wysokich ciśnień, radiacji, zmiennego pola elektrycznego, kontrolowanej atmosfery, nowych technik opakowaniowych (opakowania aktywne), mikroorganizmów zabezpieczających oraz technik utrwalania kombinowanego. Zakażeniom wtórnym żywności zapobiegać można stosując technologię „pomieszczeń wysokiej czystości". Istotne jest też określenie realnego i bezpiecznego okresu przydatności do spożycia.