Infekcje bakteriofagowe są dużym problemem w przemyśle fermentacyjnym, zwłaszcza w mleczarniach. Zanieczyszczenie fagami często prowadzi do lizy kultury starterowej – powoduje pogorszenie jakości, a nawet zepsucie produktu. Bakteriofagi są wirusami infekującymi komórki bakterii. W środowiskach mleczarni najczęściej występują fagi typu 936, c2 i P335. Do klasycznych metod detekcji fagów należą: metoda płytek dwuwarstwowych, test zakwaszenia i koagulacji mleka oraz próby reduktazowe. Ze względu na długi czas oczekiwania na wyniki tych testów, opracowano nowoczesne, szybkie metody oparte na metodzie PCR. Głównymi sposobami eliminacji infekcji fagowych są sterylizacja mleka i stosowanie kultur starterowych złożonych z fagoopornych szczepów pozbawionych profagów. Natomiast eliminację wtórnych zakażeń (za główne ich źródło uważa się serwatkę) można osiągnąć przez rotację kultur starterowych i zastosowanie szeroko pojętej higieny produkcji.