W Polsce sieć Natura 2000 jest najmłodszą formą ochrony przyrody. Głównym założeniem sieci nie jest ochrona wszystkich składników przyrody, występujących na danym terenie, ale jedynie tzw. przedmiotów ochrony, dla których ten obszar został utworzony. Zgodnie z tym w granicach Natury 2000 możliwa jest każda działalność, która im nie szkodzi. W związku z tym samorząd lokalny musi wydawać opinię, jak nowa inwestycja na terenie Natura 2000 będzie oddziaływać na przedmiot ochrony. Budzi to opór lokalnej społeczności, niechęć do tej formy ochrony i ucieczkę inwestorów.