Rzeka Rudawa jest źródłem wody pitnej dla Krakowa. Zlewnia tej rzeki (Wyżyna Krakowsko-Częstochowska) posłużyła jako model do oceny zagrożenia jakości wód dorzecza ze strony użytkowników zlewni oraz do oceny skuteczności instrumentarium ochrony wód. Instrumentarium to okazuje się być sprawne w eliminacji zanieczyszczeń punktowych, bardzo mało sprawne w eliminacji zanieczyszczeń rozproszonych i w ogóle niesprawne w eliminacji zanieczyszczeń punktowych, bardzo mało sprawne w eliminacji rolniczych zanieczyszczeń obszarowych. Przedstawiono propozycję niezbędnych zmian w instrumentarium, które ograniczę wpływ zanieczyszczeń na jakość wód ujmowanych dla celów wodociągowych.