Modelowanie systemów gospodarki odpadami medycznymi związane jest z symulacją rzeczywistych procesów jednostkowych składających się na rozwiązania logistyczne systemów sortowania, zbiórki, transportu i unieszkodliwiania odpadów. W niniejszej pracy przedstawiono możliwość wykorzystania modelu optymalizacyjnego systemu wywozu i unieszkodliwiania odpadów medycznych w wersji dynamicznej, który umożliwia projektowanie najkorzystniejszych pod względem ekonomicznym systemów gospodarki tego rodzaju odpadami. W artykule opisano badania optymalizacyjne, których celem była analiza wpływu parametru opisującego stopień redukcji ilości odpadów medycznych w procesie spalania (wwp) oraz zmiany jednostkowego kosztu transportu odpadów medycznych (Kij) na wartość wskaźnika ekonomicznej efektywności (E). Badania przeprowadzono na przykładzie analizy systemu gospodarowania odpadami medycznymi w województwie podlaskim. Zakres badań operacyjnych wykonany w ramach studium optymalizacji został podzielony na dwa etapy obliczeń optymalizacyjnych przy założonych parametrach technicznych i ekonomicznych systemu. W pierwszym etapie wygenerowano najniższy koszt funkcjonowania analizowanego systemu, natomiast w drugim - ustalono wpływ parametrów wejściowych systemu, tj. stopnia redukcji ilości odpadów medycznych w procesie termicznego przekształcania odpadów oraz jednostkowego kosztu transportu odpadów na wskaźnik ekonomicznej efektywności i strukturę przestrzenną systemu.