Jakość zdrowotna żywności determinowana jest jej bezpieczeństwem i wartością żywieniową. Wśród zagrożeń występujących w żywności najwięcej uwagi należy poświęcić zagrożeniom mikrobiologicznym, które mogą prowadzić do zachorowań, epidemii, a w drastycznych przypadkach nawet do śmierci. Działania zmierzające do ochrony zdrowia powinny być oparte na dogłębnych badaniach naukowych oraz fachowej analizie ryzyka. Identyfikacja zagrożeń i ich ocena podczas szacowania ryzyka może być wykorzystana w dalszym etapie rozwoju systemu HACCP. Podstawy do zbudowania systemu analizy ryzyka sformułowała Komisja Codex Alimentarius, która skupia przedstawicieli rządów dyskutujących o wspólnych standardach w międzynarodowym obrocie żywnością. Ważnym problemem przemysłu spożywczego jest szacowanie ryzyka mikrobiologicznego MRA (ang. Microbial Risk Assessment). Szacowanie ryzyka mikrobiologicznego jest zwykle prowadzone przez zespoły szacowania, których członkowie są fachowcami w dziedzinach: mikrobiologia żywności, epidemiologia, technologia żywności i rozwój produktów. Stworzenie i stosowanie komputerowych modeli prognozowania mikrobiologicznego pomaga przewidywać zachowanie mikroorganizmów w procesach, produktach i otoczeniu. Dostępne modele oparte są na danych eksperymentalnych. Po określeniu wszystkich parametrów, obliczeniu równań regresji statystycznej oraz przeprowadzeniu walidacji, mogą być stosowane do prognozowania.