Aktualny stan wiedzy na temat występowania niedźwiedzia, wilka i rysia w Beskidach Wyspowym i Makowskim przedstawiono w oparciu o wieloletnie terenowe obserwacje oraz informacje uzyskane od służb leśnych i myśliwych. Występowanie niedźwiedzi stwierdzano w czterech obszarach omawianych Beskidów, przy czym w dwóch było to występowanie stałe. Rysie stwierdzano regularnie w pięciu kompleksach leśnych, a wilki występowały regularnie w większości dużych kompleksów leśnych omawianych Beskidów (3–4 watahy na omawianym obszarze). Do głównych czynników mających negatywny wpływ na występowanie i liczebność populacji dużych drapieżników w Beskidzie Makowskim i Wyspowym należą bariery dyspersyjne oraz fragmentacja siedlisk spowodowana rozbudową infrastruktury drogowej i zabudową górskich stoków oraz dolin. Ponadto istotnymi zagrożeniami są: nadmierna penetracja terenów leśnych wynikająca z gospodarki leśnej, turystyki i nielegalnych rajdów terenowych. W celu ochrony populacji dużych drapieżników w omawianym terenie konieczne jest udrożnienie szlaków dyspersyjnych (w szczególności szlaku łączącego Beskid Wyspowy z Makowskim, na którym migracja zwierząt jest prawie niemożliwa wskutek modernizacji drogi Kraków–Zakopane) poprzez budowę przejść dla zwierząt