Zastosowanie systematycznego drenowania w warunkach górskich w znaczący sposób zwiększa ilość wody odprowadzanej z mikrozlewni rolniczej. Ze względu na znaczne stężenia azotu i fosforu w wodach odprowadzanych z tej zlewni istnieje niebezpieczeństwo okresowego (luty - marzec) pogorszenia jakości wody w ciekach. W celu ograniczenia odpływu zanieczyszczeń należy rozważyć możliwość retencjonowania wody odprowadzanej z górnej części, bądź ograniczenia intensywności odwodnienia poprzez zastosowanie drenowania niesystematycznego.