Celem pracy było zaprojektowanie i optymalizacja warunków reakcji w metodzie real-time PCR z wykorzystaniem sondy typu TaqMan do wykrywania enterowirusów człowieka. Użyto starterów oraz sondy komplementarnych dla konserwatywnych sekwencji w obrębie regionu niekodującego genomu enterowirusów (5'UTR). Sprawdzono swoistość metody wobec 19 taksonów enterowirusów z grup Coxsackie A, Coxsackie B, echowirusów i enterowirusów 68/71, a także innych wirusów zakażających człowieka. Określono zakres czułości metody względem szeregu dziesiętnych rozcieńczeń zawiesiny wzorcowych szczepów enterowirusów.
Chorzy po zabiegach chirurgicznych, żywieni pozajelitowe, są szczególnie narażeni na zakażenie grzybicze o etiologii Candida. Dokonano analizy mikologicznej próbek materiałów klinicznych pozyskanych od chorych żywionych pozajelitowe, a także od chorych, u których nie zastosowano tej metody leczenia. W materiale klinicznym pochodzącym od chorych żywionych pozajelitowe, dominującym gatunkiem była Candidaglabrata. W posiewach materiałów klinicznych pozyskanych od chorych nie otrzymujących żywienia pozajelitowego dominował gatunek Candida albicans
365 S. aureus and 165 CNS were evaluated for susceptibility to methicillin. They were recived from various clinic of Clinical Hospital in Bydgoszcz. The bacterial cells that grew in the presence of 25 mg methicillin/L were evaluated as methicillin-resistant. It was found that the 129 MRSA and MRCNS. Incidence depended on the kind of clinic and material. Most often they were isolated from clinic: Surgery, Neurosurgery, Intensive Care Unit, Neurology and Ortopedics. They were from: intubation tube, catheters and vascular grafts. The methicillin-resistent S. epidemidis and S. haemolyticus showed above 50% resistance to methicillin.
Oceniono częstość występowania szczepów Corynebacterium amycolatum w próbkach różnego materiału klinicznego. Badaniem objęto 70 szczepów. Największy udział miały szczepy izolowane z wymazów z ran (61,5%), z moczu (14,3%) i wymazów z drenu (7,1%). Pochodziły one głównie (37,2%) od pacjentów leczonych w oddziałach chirurgicznych (chirurgia ogólna, chirurgia naczyń, kardiochirurgia).
Przedmiotem badań było 1499 wielolekoopornych szczepów Proteus sp., w większości (92,3%) należących do gatunku P. mirabilis, izolowanych w latach 2000-2003. Stwierdzono, że szczepy Proteus sp. były oporne na większość antybiotyków ß-laktamowych z wyjątkiem karbapenemów i monobaktamów.
Zbadano częstość występowania szczepów opornych na kotrimoksazol wśród Staphylococcus aureus i koagulazo-ujemnych gronkowców opornych na meticylinę izolowanych z próbek materiału klinicznego w latach 2001-2003 w Szpitalu Uniwersyteckim im. A. Jurasza Collegium Medicum w Bydgoszczy UMK w Toruniu. W kolejnych latach szczepy oporne stanowiły: wśród szczepów MRCNS 52,8%, 51,4%, 63,9%, natomiast wśród szczepów MRSA 23,4%, 19,5%, 16,8%.
Badaniami objęto 60 szczepów z rodzaju Acinetobacter należących do gatunków A. baumannii, A. haemolyticus, A. junii i A. Iwoffii i izolowanych z różnych materiałów klinicznych. Analizując wyniki statystycznie oceniano zależności między ogólnym poziomem aktywności sideroforowej, wytwarzaniem sideroforów klasy hydroksamowej i fenolano- wo-katecholowej, bezpośrednią i pośrednią hemolizę różnych krwinek a przynależnością gatunkową szczepu jego pochodzeniem i intensywnością wzrostu w pożywce z niedoborem żelaza.
Celem pracy była ocena częstości występowania i lekowrażliwości szczepów Stenotrophomonas maltophilia w materiale pobranym od chorych hospitalizowanych w Szpitalu Uniwersyteckim nr 1 im. dr. A. Jurasza w Bydgoszczy w okresie trzech lat. Najczęściej pałeczki 5. maltophilia izolowano od chorych Kliniki Anestezjologii i Intensywnej Terapii z Pododdziałem Kardioanestezjologii oraz Kliniki Chirurgii Dziecięcej. Najwięcej (95,7%) szczepów wykazywało wrażliwość na lewofloksacynę i trimetoprim/sulfametoksazol (71,2%).
Scharakteryzowano szczepy Staphylococcus aureus i Staphylococcus epidermidis, wyizolowane z ran i tkanek głębokich oraz z powierzchni skóry, pobranych w celu poszukiwania obecności genów dla czynników wirulencji. Określono genetyczne zróżnicowanie badanych szczepów uzyskane metodą reakcji PCR ze specyficznymi starterami.
Wśród 125 szczepów paciorkowców grupy В wyizolowanych z próbek materiału klinicznego pobranych od dorosłych pacjentów stwierdzono siedem typów serologicznych, z których dominowały III (37,6%) i R (20,8%). Typowanie genetyczne metodą RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dało wyższe zróżnicowanie. Uzyskano 11 profili genetycznych. Nie wykazano różnic w rozkładzie serotypów i genotypów wśród badanych izolatów, pochodzących z próbek różnego materiału klinicznego.
Badano występowanie genów vanA, vanB, vanD, vanE i vanG metodą PCR u wankomycyno-opornych szczepów Enterococcus faecium izolowanych z materiału klinicznego pochodzącego z wybranych oddziałów Szpitala Dzieciątka Jezus w Warszawie oraz ustalono podobieństwo szczepów metodą analizy polimorfizmu restrykcyjnych fragmentów genomowego DNA za pomocą (RFLP) - PFGE
Przeprowadzono retrospektywną analizę częstości izolacji oraz lekowrażli- wości 775 szczepów Pseudomonas aeruginosa opornych na imipenem i me- ropenem. Szczepy objęte badaniem, pochodzące z materiału od 568 chorych, izolowano w latach 1998-2009 w Zakładzie Mikrobiologii Klinicznej Szpitala Uniwersyteckiego nr 1 im. dr. A. Jurasza w Bydgoszczy. W okresie objętym badaniem odnotowano tendencję wzrostową częstości izolacji szczepów P. aeruginosa o fenotypie oporności na karbapenemy.
Analizie poddano 19 losowo wybranych izolatów należących do trzech gatunków: K. pneumoniae (n=7), P. mirabilis (n=3) i E. coli (n=9), wyosobnionych z materiału klinicznego od chorych w jednym z warszawskich szpitali. Badano zróżnicowanie plazmidowo-kodowanych β–laktamaz typu ESBL i AmpC, wytwarzanych przez oporne na fluorochinolony izolaty należące do wymienionych gatunków. Mechanizm ESBL, który dominował głównie wśród przedstawicieli gatunku E. coli, wykryto w przypadku 9 izolatów. Nabyte β-laktamazy AmpC stwierdzono u 6 badanych izolatów, w tym wśród wszystkich izolatów z gatunku P. mirabilis. Ponadto, w przypadku 4 izolatów należących do gatunku K. pneumoniae wykryto zarówno mechanizm ESBL, jak i AmpC. W prezentowanych badaniach geny warunkujące wytwarzanie pAmpC najczęściej należały do rodziny CMY i DHA, zaś geny warunkujące wytwarzanie ESBL – do rodziny TEM, SHV i CTX-M. Ponadto, 13 spośród 19 badanych izolatów poza niewrażliwością na fluorochinolony i cefalosporyny trzeciej generacji charakteryzowało się również opornością na antybiotyki aminoglikozydowe i trimetoprim/sulafametoksazol. Uzyskane wyniki wskazują na horyzontalny transfer plazmidów, w których znajdują się geny warunkujące wytwarzanie β-laktamaz typu ESBL i/lub pAmpC.
Określono częstość występowania 11 wybranych genów loci waa i wb związanych z biosyntezą oligocukru rdzenia lipopolisacharydu (LPS) i antygenu O pałeczek Klebsiella. Zbadano 26 wybranych szczepów wzorcowych dla antygenu K reprezentujących wyróżniane obecnie grupy serologiczne pałeczek K. pneumoniae a także 19 szczepów epidemicznych i izolowanych od przypadkowych osób na terenie kraju. Zróżnicowanie częstości występowania poszukiwanych genów w grupie badanych szczepów stanowiło podstawę wyodrębnienia 21 genotypów. Wykazano przydatność genów z loci waa i wb do genotypowania pałeczek K. pneumoniae.
W latach 2001-2005 z próbek materiału klinicznego pobranych od pacjentów szpitalnych i ambulatoryjnych wyizolowano 104 szczepy Gram-ujemnych pałeczek opornych na karbapenemy (imipenem i meropenem). Zastosowano fenotypową metodę Etest® MBL do wykrywania szczepów wytwarzających metalo-beta-laktamazy (MBL). Wśród badanych izolatów było 36 MBL-do- datnich stanowiących 34,6% ogółu szczepów opornych na antybiotyki kar- bapenemowe.