Tradycyjne mikroorganizmy do produkcji mlecznych napojów fermentowanych selekcjonowane są według właściwości wzrostu i koagulacji mleka oraz kształtowania dobrych cech organoleptycznych. Nowe mikroorganizmy selekcjonowane są według właściwości probiotycznych i biotechnologicznych. Obecnie przy produkcji napojów najczęściej stosowane są bakterie probiotyczne z rodzajów Bifido-bacterium i Lactobacillus, łącznie z tradycyjnymi bakteriami kwasu mlekowego.