Oligosacharydy stosuje się głównie do produkcji odżywek dla dzieci, mleka, produktów mleczarskich, wyrobów cukierniczych, słodyczy, win owocowych i różnego rodzaju tzw. zdrowej żywności. Wzrasta zastosowanie oligosacharydów do produkcji leków, kosmetyków, środków przeciwpróchniczych, pasz dla zwierząt. Ponadto uznaje się, że niektóre nieulegające strawieniu oligosacharydy wykazują właściwości prebiotyczne i mogą być fermentowane przez bakterie z rodzaju Bifidobacterium i Lactobacillus acidophilus. Takie oligosacharydy są nazywane „czynnikami bifidogennymi".