Wysokosprawna elektroforeza kapilarna (CE) jest metodą stosowaną do rozdziału, identyfikacji i ilościowego oznaczania wielu związków w produktach spożywczych. Dzięki swej różnorodności techniki elektroforezy kapilarnej mogą być wykorzystywane do oznaczania zawartości zarówno związków wielkocząsteczkowych, np. białek czy fragmentów DNA, jak i drobnocząsteczkowych: aminokwasów, węglowodanów, witamin, flawonoidów, jonów nieorganicznych oraz kwasów organicznych. Zastosowanie tej metody w laboratoriach kontroli żywności może znacznie ułatwić weryfikowanie deklarowanego i rzeczywistego składu produktów żywnościowych.