Wielonienasycone kwasy tłuszczowe wpływają na metabolizm kwasów tłuszczowych, lipidów oraz rozwój procesu zapalnego. Mechanizmy odpowiedzialne za te efekty wiążą się ze zmianami funkcjonowania błon komórkowych, z produkcją eikozanoidów oraz z bezpośrednim wpływem PUFA na ekspresje genów modulujących procesy oksydacji kwasów tłuszczowych, syntezy kwasów tłuszczowych, lipidów i lipoprotein oraz syntezy licznych molekuł odgrywających kluczową rolę w rozwoju procesu zapalnego. Różnice działań biologicznych wywoływanych przez n-3 i n-6 PUFA wynikają z różnic w stymulowaniu na poziomie molekularnym wyżej wymienionych procesów przez różne wielonienasycone kwasy tłuszczowe.