Analiza białek izoenzymatycznych jest metodą, która na podstawie stopnia wyrównania genetycznego roślin pozwala na potwierdzenie mikrosporowego pochodzenia androgenicznych regenerantów. W przeprowadzonym eksperymencie oceniono cztery gatunki papryki C. annuum L., C. frutescens L., C. chinense JACQ. i C. baccatum L. var. pendulum oraz rośliny należące do siedmiu populacji androgenicznych, otrzymanych w kulturach pylników dwóch międzygatunkowych mieszańców pokolenia F1: C. frutescens x C. chinense oraz C. annuum x C. baccatum. Dla wszystkich badanych roślin porównano wzory prążkowe następujących izoenzymów: izomerazy glukozofosforanowej, mutazy glukozofosforanowej, dehydrogenazy izocytrynianowej oraz dehydrogenazy jabłczanowej. Izoenzymy PGM oraz IDH różnicowały cztery oceniane gatunki z rodzaju Capsicum. Na podstawie analizy wzorów prążkowych izoenzymu IDH stwierdzono również zróżnicowanie genetyczne pomiędzy androgenicznymi populacjami mieszańca C. frutescens x C. chinense. Jednocześnie, wyniki przeprowadzonych analiz wykazały wyrównanie genetyczne wszystkich badanych populacji pod względem analizowanych izoenzymów.