Nadleśnictwo Augustów obejmuje południową część Puszczy Augustowskiej. W latach 2006–2007 stwierdzono na tym terenie występowanie czternastu gatunków storczykowatych. Dwa spośród nich: obuwik pospolity Cypripedium calceolus i lipiennik Loesela Liparis loeselli znajdują się w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej (1992), przez co kwalifikują się do kategorii tzw. gatunków o znaczeniu wspólnotowym. Dwa kolejne gatunki: kukuczka kapturkowata Neottianthe cucullata i stoplamek krwisty żółtawy Dactylorhiza incarnata ssp. ochroleuca zostały umieszczone w Polskiej Czerwonej Księdze Roślin ze statusem „zagrożone”. Pozostałe gatunki są objęte ochroną ścisłą na terenie Polski
W maju 2013 roku znaleziono martwego młodocianego osobnika gniewosza plamistego Coronella austriaca Laurenti, 1768 w Puszczy Augustowskiej, przy granicy z Białorusią. Jest to stanowisko oddalone o ponad 100 km od północnej granicy zwartego zasięgu tego gatunku przebiegającego przez teren Polski i wskazuje na możliwość występowania gniewosza na innych stanowiskach na północnym wschodzie kraju