Częstość występowania otyłości wzrosła istotnie w ostatnich kilku dziesięcioleciach i obecnie, w wielu krajach, również w Polsce, osiągnęła rozmiary epidemii. Wyniki badań, które wykazały różnice w składzie flory jelitowej u osób szczupłych i otyłych stały się przesłanką do stworzenia hipotezy, iż mikroorganizmy bytujące w przewodzie pokarmowym człowieka mogą odgrywać pewną rolę w patogenezie otyłości. Badania z zakresu metagenomiki wskazują, że mikroświat jelita grubego, w zależności od jego składu, może zarówno sprzyjać otyłości, jak i chronić przed jej rozwojem. Proponowane mechanizmy, przez które mikrobiom może wpływać na masę ciała swego gospodarza obejmują: udział w procesach pozyskiwania energii z pożywienia, magazynowania tłuszczu w tkance tłuszczowej, w indukowaniu stanu zapalnego, a także w regulacji łaknienia i sytości.