Struktura użytkowania gruntów i praw własności do nich na obszarze Pienińskiego Parku Narodowego jest niekorzystna dla prowadzenia procesów ochrony zgodnie z zasadami określonymi w ustawie o ochronie przyrody, ponieważ duża część powierzchni stanowi własność prywatną. Od szeregu lat Park prowadzi wykup praw własności na rzecz Skarbu Państwa, jednak często brak woli właścicieli do odsprzedaży gruntów oraz brak środków finansowych spowalnia ten proces. W okresie 7 lat Park wykupił 366 działek ewidencyjnych o łącznej powierzchni 39,7669 ha.