Przepisy dotyczące substancji dodatkowych są obszerne i złożone, a interpretacja niektórych wymagań stwarza problemy zarówno producentom, jak i organom urzędowej kontroli żywności. Szczególnie dużo wątpliwości budzi zaklasyfikowanie produktu do odpowiedniej kategorii w zat. II do rozporządzenia nr 1333/2008 oraz stosowanie zasady przenoszenia. Aby ułatwić korzystanie z przepisów w zakresie substancji dodatkowych, Komisja Europejska opracowała przewodnik dotyczący kategorii środków spożywczych oraz przewodnik dotyczący zasady przenoszenia (obecnie w fazie projektu).