We wstępie do artykułu przedstawiono stosunkowo nową dziedzinę badań – proteomikę, w obrębie której analizowane są: skład, budowa i funkcja białek oraz zachodzące pomiędzy nimi interakcje. W kolejnych rozdziałach opisano najważniejsze techniki analityczne proteomiki: elektroforezę dwukierunkową, metodę laserowej desorpcji/jonizacji próbki wspomaganej matrycą z analizatorem czasu przelotu (MALDI-TOF) oraz elektrorozpraszanie jonizacyjne (ESI, electrospray ionization). W celu przybliżenia zagadnień związanych z proteomiką w opracowaniu zaprezentowano przykłady analizy proteomu drobnoustrojów, w tym wybranych patogenów (Staphylococcus aureus, Vibrio cholerae, Bacillus subtilis, Mycobacterium avium, Borrelia ssp., Aspergillus flavus). Na podstawie wyników badań proteomu udokumentowano możliwość identyfikacji gatunku oraz badanie metabolizmu mikroorganizmu i interakcji gospodarz–patogen, a nawet możliwość różnicowania potencjału enzymatycznego mikroorganizmów utylizujących surowce ligninocelulozowe. W podsumowaniu zaznaczono potencjał analizy proteomicznej, przydatnej w wielostronnej charakterystyce drobnoustrojów.