Ochrona zwierząt wymienionych w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej UE, w ramach specjalnych obszarów ochrony siedlisk Natura 2000, jest często niemożliwa ze względu na nieodpowiedni sposób wyznaczenia ich granic, podczas którego nie uwzględniono rzeczywistego rozmieszczenia poszczególnych gatunków. W pracy dokonano oceny stopnia ochrony stanowisk nietoperzy wymienionych w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej w SOO Beskid Mały (PLH240023). W tym celu wykorzystano dane pozyskane z odłowów w sieci oraz kontroli jaskiń i innych schronień nietoperzy prowadzonych w latach 2002–2012, wraz z wcześniej opublikowanymi informacjami o chiropterofaunie Beskidu Małego. W całym masywie Beskidu Małego stwierdzono 15 gatunków nietoperzy, spośród których pięć (podkowiec mały Rhinolophus hipposideros, nocek duży Myotis myotis, nocek Bechsteina M. bechsteinii, nocek orzęsiony M. emarginatus i mopek Barbastella barbastellus) jest wymienionych w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej. Zaledwie jedno stanowisko tych gatunków znajduje się w granicach obszaru Natura 2000. Badania autorów wskazują na potrzebę korekty granic obszaru Natura 2000 w taki sposób, aby objąć ochroną ważne stanowiska rojenia i hibernacji nietoperzy. Konieczne są także dalsze badania nad chiropterofauną obszaru w celu opracowania dla niej odpowiednich zadań ochronnych