W laboratoriach Państwowego Zakładu Higieny wykonujących badania dla klientów zawsze przestrzegano zasad dobrej praktyki laboratoryjnej i dbano o rzetelność wyników badań. W 2003 r. laboratoria wykonujące badania z zakresu bezpieczeństwa żywności powołano do roli krajowych laboratoriów referencyjnych. To, oraz konieczność dostosowania standardów pracy do wymagań ustawodawstwa WE oraz potwierdzenia posiadanych kompetencji przez niezależną organizację doprowadziło w 2003 r. do podjęcia decyzji o ubieganiu się o akredytację Polskiego Centrum Akredytacji. Przedstawiono następujące etapy budowy i wdrażania systemu zarządzania: szkolenia, modyfikacja struktury organizacyjnej Instytutu, opracowanie dokumentacji systemu zarządzania, remonty, wdrożeniu nadzoru nad wyposażeniem pomiarowym i badawczym, audity wewnętrzne oraz przegląd zarządzania. Zwrócono uwagę na przydatność wcześniejszych doświadczeń i osiągnięć w zakresie walidacji metod badawczych oraz zapewniania jakości wyników poprzez organizację i udział w badaniach biegłości. Podano aktualny stan akredytacji metod badawczych stosowanych przez laboratoria PZH wykonujące badania w zakresie chemii, mikrobiologii, radiobiologii i diagnostyki medycznej.