Enzymatyczne modyfikowanie białek żywności w szerokim zakresie zmienia właściwości reologiczne i smakowo-zapachowe wielu produktów. Dzięki łagodnym warunkom reakcji katalizowanych enzymatycznie uniknąć można powstawania toksycznych związków i niepożądanych zmian w produkcie, jakie często tworzą się w wyniku modyfikacji chemicznych. Stosując różne preparaty enyzmów proteolitycznych można zwiększyć kruchość mięsa, wytworzyć różne gatunki sera, otrzymać hydrolizaty rybne, przyprawy i pasty, a także poprawić wypiekowe właściwości mąki. Dzięki reakcji plasteinowej możliwe jest wyeliminowanie gorzkiego smaku hydrolizatów białkowych, w celu ich zastosowania w przemyśle żywnościowym oraz wzbogacenie niektórych białek w niezbędne aminokwasy. Także przez zastosowanie określonych enzymów katalizujących wytwarzanie dodatkowych wiązań można wzbogacić niektóre białka w niezbędne aminokwasy, ochronić lizynę przed niepożądanymi reakcjami, poprawić sprężystość glutenu i teksturę wypieków. Dzięki enzymatycznemu modyfikowaniu fosforylowanego białka soi można zwiększyć udział grup tiolowych. Ponadto próby enzymatycznego wytwarzania białka o podobnych właściwościach do naturalnie występujących w surowicy ryb arktycznych i antarktycznych glikoprotein, dają nowe możliwości przechowywania zamrażalniczego wielu produktów bez szkód związanych ze zniszczeniem ich struktury pod wpływem tworzących się kryształków lodu.