Od początków jego wdrażania program PHARE przeszedł głęboką ewolucję - od programu o charakterze pomocy humanitarnej (skoncentrowanej na drożnych dostawach pasz środków ochrony roślin czy produktów spożywczych) - do pomocy podporządkowanej potrzebom przygotowań do integracji z Unią Europejska (która obok wsparcia inwestycyjnego przewiduje praktyczną i finansową pomoc we wprowadzaniu niezbędnych reform ukierunkowanych na integrację z UE).