Nysa Łużycka jest rzeką o stosunkowo ubogich zasobach wodnych, na co nakłada się silna antropopresja. Zjawiskiem charakterystycznym jest ciągła zmienność przepływów w profilu podłużnym rzeki. Zasadniczy wpływ na zasoby wodne zlewni Nysy Łużyckiej ma górnictwo węgla brunatnego i towarzyszące mu inwestycje, polskie i niemieckie kopalnie i elektrociepłownie. Wyrobisko pokopalniane po zamkniętej w 1997 roku niemieckiej kopalni Berzdorf poddawane jest rekultywacji przez zalewanie wodami Nysy Łużyckiej i jej lewostronnego dopływu Pliessnitz. Obliczenia bilansowe zasobów wodnych w zlewni pozwalają na określenie takich warunków poboru wody, które stanowią kompromis między koniecznością zalania wyrobiska, a skutkami poboru dla środowiska i zlokalizowanych poniżej użytkowników. Konieczne jest zagwarantowanie nie tylko przepływu nienaruszalnego ekologicznie uzasadnionego, ale i utrzymania minimalnych przepływów gwarantowanych dla 19 polskich i niemieckich elektrowni wodnych. Powstałe w wyniku zalewania wyrobiska jezioro Berzdorf jest głównym użytkownikiem wód powierzchniowych w zlewni Nysy Łużyckiej. Zbiornik usytuowany jest między miejscowościami Tauchritz i Klein Neudorf na zachód od lewego brzegu rzeki, ok. 10 km powyżej wodowskazu Zgorzelec. Instalacja umożliwia maksymalny pobór w ilości 10 m3/s, a warunkiem poboru jest zachowanie przepływu granicznego w Nysie Łużyckiej w ilości Qgr = 13,3 m3/s.
Dla oceny wpływu zrzutu zawiesin kopalnianych na obciążenie wód rzeki Nysy Łużyckiej przeprowadzono eksperyment polegający na sterowanym zrzucie wód kopalnianych do Miedzianki, z zachowaniem w wodach Nysy Łużyckiej zawartości zawiesin ogólnych nieprzekraczających wartości progowej 30 mg/l. Przebadano zmienność ilościowo-jakościową wprowadzonego ładunku zawiesin na odcinku ok. 110 km, w 15 przekrojach Nysy Łużyckiej od Sieniawki do Łęknicy. Podstawę do określenia czasu przepływu analizowanej strugi wody Nysy Łużyckiej, wyznaczającego czas poboru kolejnych próbek wód rzecznych, stanowiły nomogramy czasu przepływu opracowane dla danych z wielolecia 1991-2008. Badania przeprowadzono w strefach przepływów niskich i średnich. Ustalono, że wprowadzane do wód Nysy Łużyckiej wody kopalniane po ich oczyszczeniu na wysokosprawnych oczyszczalniach wnoszą zawiesiny o małej zdolności sedymentacyjnej, których zmiany ilościowe w odbiorniku warunkowane są wyłącznie procesem rozcieńczania. Koncentracja zawiesin, jaką Nysa Łużycka prowadzi przy przepływach niskich i średnich, powyżej i poniżej obszaru oddziaływania kopalni, utrzymuje się w granicach klasy I, tj. poniżej 25 mg/l.