Rolnictwo jest jednym z głównych i najbardziej istotnych źródeł eutrofizacji wód. Eutrofizacja jest procesem wzbogacenia wód w biogeny, głównie azot i fosfor. Intensywność dopływu N i P do wód zależy od: warunków pogodowych, ukształtowania powierzchni ternu, właściwości gleby, charakteru działalności rolniczej oraz zagospodarowania zagrody wiejskiej. Migracja N ze względu na lepszą rozpuszczalność jego związków zależy, przede wszystkim, od warunków hydrologicznych i glebowych, i jest związana głównie z wymywaniem, natomiast migracja P jest powiązana ze zjawiskiem erozji. Rolnicze źródła zanieczyszczeń wód można podzielić na obszarowe i punktowe. Zanieczyszczenia obszarowe obejmują straty składników (N i P) z nawozów mineralnych i organicznych stosowanych na użytkach rolnych, spływy powierzchniowe z terenów wiejskich i w wyniku erozji. Są one związane z rolnictwem, ponieważ w większości obszar zlewni jest użytkowany rolniczo (blisko 60% powierzchni kraju stanowił UR). Poza tym stanowił one najtrudniejszą do kontrolowania przyczynę degradacji wód. Punktowe źródła zanieczyszczeń pochodzą, przede wszystkim, z zabudowani gospodarskich, pryzm obornikowych, zbiorników na gnojowicę oraz z działalności bytowej: rozproszone budynki mieszkalne i szamba. Zanieczyszczenia te powstają najczęściej w wyniku nieprawidłowego składowania odchodów zwierzęcych. Ilość biogenów przenikających z obszarów wiejskich do wód może być skutecznie ograniczona przez: stosowanie odpowiedniej agrotechniki, racjonalne nawożenie, odpowiedni dobór roślin (płodozmiany przeciwerozyjne), zakładanie stref buforowych i oczyszczalni roślinnych. Podstawowe akta prawne mające na celu ochronę wód przed zanieczyszczeniami ze źródeł rolniczych to: Dyrektywa Azotanowa, Kodeks Dobrej Praktyki, Ustawa o nawozach i nawożeniu.