Alkaloid do celów leczniczych otrzymuje się głównie z Berberis vulgaris L., Hydrastis canadensis L., Coptisjaponica Mak., Phellodendron amurense Rupr. i Thalictrum foliolosum D. C. Występuje on w korze i korzeniach wymienionych roślin w ilości 1,1-10,2%. Sole berberyny (chlorek i siarczan) odznaczają się silnym działaniem na bakterie Gram-dodatnie, grzyby drożdżoidalne, wirusy i pierwotniaki chorobotwórcze dla człowieka. Hamują one rozwój większości wymienionych drobnoustrojów w stężeniach 10-500 µg/cm³. Pałeczki Gram-ujemne z rodziny Enterobacteriaceae i pałeczki Pseudomonas odznaczają się mniejszą wrażliwością (500-10.000 µg/cm³). Ponadto niektóre szczepy pałeczek zdolne są do asymilowania berberyny. Berberynę stosuje się przede wszystkim do leczenia skórnej postaci leiszmaniozy (Leishmania tropica), jaglicy (Chlamydia trachomatis) oraz zakażeń przewodu pokarmowego wywołanych przez Escherichia coli, Salmonella enteritidis i Vibrio parahaemolyticus. Istnieje możliwość zastosowania tego alkaloidu do leczenia amebiozy (Entamoeba histolytica), grzybic przewodu pokarmowego i pochwy wowoływanych przez Candida albicans i zakażeń dróg oddechowych powodowanych przez Streptococcus pyogenes, S. pneumoniae, Stahylococcus aureus, Haemophilus influenzae i Candida albicans. Stwierdzono ponadto hamowanie przez berberynę replikacji wirusów grypy A i B oraz aktywności odwrotnej transkrypazy wirusa HIV-1 odpowiedzialnego za rozwój AIDS.