Inwestycje hydrotechniczne realizowane na obszarach ostoi Natura 2000 mogą charakteryzować się potencjalnie znaczną konfliktowością w stosunku do walorów przyrodniczych. Dla ograniczenia negatywnych skutków ich realizacji należy przeprowadzać ocenę wpływu na środowisko przyrodnicze poprzedzoną inwentaryzacją i waloryzacją przyrodniczą. Podstawową zasadą jest zapobieganie i ograniczenie strat przyrodniczych. Na obszarach, gdzie są one nieuniknione wskazuje się na metody kompensacji. Ocena stanu walorów przyrodniczych terenu stopnia wodnego w Chróścicach nie wskazuje na występowanie znacznych ograniczeń dla projektowanej przebudowy. Najbardziej konfliktowe są prace prowadzone w międzywalu rzeki. Dla przywrócenia siedlisk gatunków chronionych w ostoi Natura 2000 zaproponowano koncepcję kompensacji przyrodniczej, którą uzgodniono z projektantami inwestycji. Na podstawie przeprowadzonych analiz stwierdzono, że można pogodzić ochronę walorów przyrodniczych chronionych w ostoi z realizacją przedsięwzięcia.