W latach 2000-2006 Instytut uczestniczył w.11 różnych projektach międzynarodowych, w tym w 5 w ramach 6 Programu Ramowego. Problematyka programów koncentrowała się na: bezpieczeństwie i jakości żywności, diagnozowaniu nowych zagrożeń zdrowia poprzez żywność, poszukiwaniu narzędzi ułatwiających walkę z otyłością, rozszerzaniu i unifikacji baz danych o wartości odżywczej żywności. Realizacja tych zadań przyniosła wiele korzyści w postaci wyników badań oraz publikacji, ale przede wszystkim pozwoliła na włączenie się w nurt badań europejskich i nawiązanie licznych, partnerskich kontaktów naukowych, a także utworzenie sieci instytucji zaangażowanych w sprawy bezpieczeństwa żywności, żywienia i zdrowia.