Zabudowa hydrotechniczna degraduje ekosystem rzeki, zaburzając ciągłość geomorfologiczną i biologiczną, niszcząc i przekształcając siedliska wodne oraz strukturę zespołów roślin i zwierząt. Wpływa na procesy fizykochemiczne i biologiczne obniżając nie tylko walory przyrodnicze, ale także użytkowe wód. Przegradzanie rzek powoduje przerwanie ich drożności dla wędrówek ryb i innych organizmów wodnych. Budowa nawet najlepszych przepławek tylko częściowo rekompensuje szkody spowodowane przegrodzeniem rzeki, w przypadku wielu progów jedynie budowa przepławki typu „obejście”, obejmującej całą długość rzeki przegrodzonej progami może złagodzić skutki ekologiczne. W końcowym, 67-kilometrowym odcinku Dunajca zaplanowano wiele progów wodnych, przeznaczonych głównie do celów hydroenergetycznych, mających tworzyć kaskadę stopni wodnych. Jest to nie do zaakceptowania w rzece o dużych walorach przyrodniczych, traktowanej jako bank genowy karpiowatych ryb reofilnych