Integracja Polski z Unią Europejską wymusiła zmiany w opodatkowaniu polskiego rolnictwa w zakresie podatku od towarów i usług, polegające na wprowadzeniu stawek podatku VAT dostosowanych do dyrektyw harmonizujących podatki pośrednie. Zmiany wprowadzone w podatku rolnym związane były z udzielaniem ulg w przypadku dofinansowania inwestycji w gospodarstwach rolnych ze środków unijnego budżetu i związaną z tym koniecznością zapewnienia braku podwójnego finansowania inwestycji. Niezbędne było również włączenie w proces przyznawania ulg i zwolnień w podatku rolnym unijnych zasad udzielania pomocy publicznej. Dalsze zmiany w opodatkowaniu rolnictwa powinny uwzględniać sytuację ekonomiczną i społeczną gospodarstw rolnych oraz konieczność zachowania wielkości przychodów jednostek samorządu terytorialnego z tego tytułu.