W latach 2006–2008 Instytut Ochrony Przyrody PAN koordynował projekt, zlecony przez Główny Inspektorat Ochrony Środowiska, p.t. Monitoring gatunków i siedlisk przyrodniczych ze szczególnym uwzględnieniem specjalnych obszarów ochrony siedlisk Natura 2000. Głównym celem tego zadania było wypracowanie podstaw organizacyjnych i metodycznych systemu monitoringu przyrodniczego, zgodnego z wymogami prawa unijnego i potrzebami krajowej ochrony przyrody. W artykule omówiono założenia i sposób prowadzenia prac oraz ich wyniki, pozwalające na ocenę stanu ochrony wybranych siedlisk przyrodniczych i gatunków na poziomie badanych stanowisk, obszarów Natura 2000 i regionów biogeograficznych