Bocian czarny Ciconia nigra należy do gatunków objętych ścisłą ochroną gatunkową, a wokół jego gniazd tworzone sa strefy ochroonne. Dodatkowo został on uznany za gatunek wymagający ochrony czynnej. W roku 2004 Towarzystwo Przyrodnicze Bocian rozpoczęło realizację programu pt. Aktywna ochrona bociana czarnego i jego siedlisk. Działania polegają na monitorowaniu stanu populacji w województwie mazowieckim, kontroli przestrzegania zasad ochrony gatunku, renowacji gniazd, oraz na poprawianiu warunków siedliskowych w rejonach występowania bociana czarnego. Zasadniczym celem programu jest ochrona i odtwarzanie leśnych terenów podmokłych, stanowiących tereny lęgowe i żerowiskowe bociana czarnego. Służy temu m.in. poprawa retencji wodnej poprzez budowę zastawek i innych urządzeń hydrotechnicznych na rowach melioracyjnych i małych ciekach wodnych. W pierwszym etapie programu prace hydrologiczne prowadzono na dwóch obiektach położonych w nadleśnictwach Siedlce i Sokołów Podlaski. Łącznie, zbudowano 2 zastawki oraz 33 progi piętrzące wodę. Każdego roku na terenie Niziny Mazowieckiej jest kontrolowanych około 140 stanowisk bociana czarnego, a także poddawane są renowacji gniazda zagrożone (dotychczas zabezpieczono 10 gniazd).
W latach 2006–2007 na terenie Kampinoskiego Parku Narodowego prowadzono badania składu pokarmu piskląt bociana czarnego. W ciągu sezonu lęgowego skontrolowano 1–3 razy wybrane gniazda (łącznie 13 gniazd: 6 w 2006 i 7 gniazd w 2007 roku), pobierając od piskląt próby pokarmu. W pokarmie bociana czarnego stwierdzono 322 ofi ary o łącznej masie 930 g, należące do 28 gatunków. Największą różnorodność oraz największy udział liczebny (łącznie 212 osobników) i wagowy stanowiły ryby. Dominującymi gatunkami pod względem biomasy były: w 2006 roku – piskorz Misgurnus fossilis (27%) i szczupak Esox lucius (24%), a w 2007 roku – szczupak (50%) i koza Cobitis taenia (11%). Drugą grupą pod względem zarówno liczby ofi ar, jak ich biomasy, okazały się płazy (łącznie 74 osobniki; 24% biomasy w 2006 r. i 18% w 2007 r.), reprezentowane niemal wyłącznie przez 1 gatunek – grzebiuszkę ziemną Pelobates fuscus. Pozostałe grupy ofi ar (inne kręgowce i bezkręgowce) miały marginalny udział w diecie bociana. Ptak ten preferował niewielkie ofi ary, a ich wzrost wraz z wiekiem piskląt zaznaczał się bardzo słabo. Bociany żerowały najczęściej na terenie podmokłych łąk lub w pobliżu rzek Wisły lub Bzury, czego dowodzą zarówno stwierdzenia żerujących osobników, jak i liczne obserwacje ptaków lecących w kierunku wspomnianych rzek. Badania na terenie KPN nie wykazały znaczących różnic w pokarmie bociana dziś i przed 20 laty. Dalszy monitoring może jednak mieć duże znaczenie z powodu postępującego obniżania się poziomu wód gruntowych na terenie Parku, spowodowanego pracami melioracyjnymi prowadzonymi już od lat międzywojennych. Przesuszanie to może prowadzić do degradacji terenów podmokłych służących bocianowi czarnemu za żerowiska