Wieloletnie doświadczenie autora artykułu w analizie wdrażania systemów bezpieczeństwa HACCP wskazuje na stale występujące problemy w rozumieniu normy PN-EN ISO 22000:2006 „Systemy zarządzania bezpieczeństwem żywności - wymagania dla każdej organizacji należącej do łańcucha żywnościowego”, określającej sposób wdrożenia i doskonalenia systemu zarządzania jakością HACCP. Główne problemy dotyczą procesu audytowania systemu HACCP a zwłaszcza sposobu zarządzania programem audytów, przeprowadzania audytu, doboru pracownika wykonującego audyt. W artykule przedstawiono podstawowe zasady audytowania na podstawie praktycznych doświadczeń z zakładów młynarskich, piekarniczych i gastronomicznych.