Efektywność metod pobierania próby w tworzeniu kolekcji podstawowej pszenżyta jarego przy użyciu danych fenotypowych

• Autorzy: Studnicki M. , Madry W. , Kociuba W.

Warianty tytułu

EN

Efficiency of sampling strategies to develop a core collection of the Polish spring triticale germplasm resources using phenotypic data

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Kolekcje podstawowe powstają z ograniczonej liczby obiektów zgromadzonych dotychczas w kolekcji zasobów genowych, wybranych tak, aby reprezentowały zmienność całej kolekcji. Celem tworzenia kolekcji podstawowych jest efektywniejsze wykorzystanie aktualnie zgromadzonych zasobów genowych w programach hodowlanych roślin. W pracy oceaniono efektywność 18 metod pobierania próby, będących kombinacją trzech frakcji próby (wielkości kolekcji podstawowych), dwóch metod analizy skupień oraz trzech metod alokacji obiektów, w trakcie tworzenia kolekcji podstawowej pszenżyta jarego w oparciu o dane fenotypowe. Wraz ze wzrostem wielkości próby wzrasta reprezentatywność zróżnicowania fenotypowego w kolekcji podstawowej pszenżyta jarego. Kolekcje podstawowe stanowiące 20% kolekcji wyjściowej są w wystarczająco reprezentatywne. Metoda Warda analizy skupień podzieliła obiekty w kolekcji wyjściowej w taki sposób aby uzyskać bardziej reprezentatywną kolekcję podstawową, niż podział obiektów metodą UPGMA. W przedstawionych analizach, dwie pośród trzech zastosowanych metod alokacji obiektów, proporcjonalna i D2 charakteryzowały się wysokim poziomem reprezentatywności.

EN

A core collection consists of a limited number of accessions in an existing collection, chosen to represent the genetic variability in the whole collection plant genetic resources. The purpose of a core collections is to improve the use of genetic resources in crop improvement programs. The objective of this research was to evaluate efficiency of 18 sampling strategies which are combinations of three sampling intensities (sizes of core collections), two clustering methods and three sampling allocations when forming core collections of the Polish spring triticale genetic resources using phenotypic data. Increasing sampling intensity improves phenotypic diversity representativeness of core collections for spring triticale. Core collection including at least 20% of entire collection is sufficient to be representative enough. Ward’s method of cluster analysis enables to stratify spring triticale entire collection in such a way as to draw more representative core collections than when using the UPGMA method. In the present analysis, two out of three sampling strategies, proportional and D2, were characterized by a high level of effectiveness.

Słowa kluczowe

PL

efektywnosc; kolekcje podstawowe; kolekcje roslin; metody pobierania prob; pobieranie probek; pszenzyto jare; tworzenie kolekcji; zasoby genowe; zmiennosc fenotypowa

EN

effectiveness; core collection; plant collection; sampling method; sampling; spring triticale; collection; genetic resource; phenotypic variability

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2010
• Tom: 555
• Opis fizyczny: s.409-418,tab.,wykr.,bibliogr.

Twórcy

autor

Studnicki M.

• Katedra Doświadczalnictwa i Bioinformatyki, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, ul.Nowoursynowska 159, 02-776 Warszawa

autor

Madry W.

autor

Kociuba W.

Bibliografia

• Brown A.H.D. 1989. Core collections: a practical approach to genetic resources management. Genome 31: 818-824.
• Crossa J., Franco J. 2004. Statistical methods for classifying genotypes. Euphytica 153: 19-37.
• Frankel O.H. 1984. Genetic perspectives of germplasm conservation, w: Genetic manipulation: impact on man and society. Arber W., Llimensee K., Peacock W.J., Starlinger P. (red.). Cambridge University Press, Cambridge: 161-170.
• Franco J., Crossa J., Taba S., Shands H. 2005. A sampling strategy for conserving genetic diversity when forming core subsets. Crop Sci. 45: 1035-1044
• Franco J., Crossa J., Warburton M.L., Taba S. 2006. Sampling strategies for conserving maize diversity when forming core subsets using genetic markers. Crop Sci. 46: 854-864.
• Jansen J., van Hintum Th. 2007. Genetic distance sampling: a novel sampling method for obtaining core collections using genetic distances with an application to cultivated lettuce. Theor. Appl. Genet. 114: 421-428.
• Kim K.W., Cheng H.K., Cho G.T., Ma K.H., Chandrabalan D., Gwag J.G., Kim T.S., Cho E.G., Park Y.J. 2007. PowerCore: a program applying the advanced M strategy with a heuristic search for establishing core sets. Bioinformatics 23: 2155-2162.
• Li Y., Shi Y., Cao Y., Wang T. 2005. Establishment of a core collection for maize germplasm preserved in Chinese National Genebank using geographic distribution and characterization data. Genetic Resources and Crop Evolution 51: 845-852.
• Marita J., Rodriguez J.M., Nienhuis J. 2000. Development of an algorithm identifying maximally diverse core collections. Genetic Resources and Crop Evolution 47: 515-526.
• SAS Institute Inc. 2004. SAS OnlineDoc® 9.1.3. Cary, NC.
• Upadhyaya H., Dwivedi S., Gowda C., Singh S. 2007. Identification of diverse germplasm lines for agronomic traits in a chickpea (Cicer arietinum L.) core collection for use in crop improvement. Field Crops Research 100: 320-326.
• Upadhyaya H.D., Pendir R.P.S., Dwivedi S.L., Gowda C.L.L., Reddy V.G., Singh S. 2009. Developing a mini core collection of sorghum for diversified utilization of germplasm. Crop Sci. 49: 1769-1780.
• Van Hintum T., Brown A., Spillane C., Hodgkin T. 2000. Core collections of plant genetic resources. PGRI Technical Bulletin No. 3. International Plant Genetic Resources Institute, Rome.
• Wang J.C., Hu J., Хu H.M., Zhang S. 2007. A strategy on constructing core collections by least distance stepwise sampling. Theor. Appl. Genet. 115: 1-8.