Analiza filogenetyczna genu 21-hydroksylazy steroidowej u przedstawicieli gromady Mammalia

• Autorzy: Strzala T , Frontczak A , Plizga A , Kosowska B

Warianty tytułu

EN

Phylogenetic analysis of 21-steroid hydroxylase gene in member of Mammalia phylum

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy dokonano analizy filogenetycznej genu 21 -hydroksylazy steroidowej w oparciu o różne typy sekwencji: eksonowe, intronowe oraz aminokwasowe, pochodzące od 7 gatunków gromady Mammalia (człowieka, szczura, myszy, psa, świni, bydła oraz królika). Celem było wytypowanie sekwencji, która na dendrogramie utworzy węzły o wysokiej istotności, spełniając kryteria poprawnej analizy filogenetycznej. Takim typem sekwencji okazały się eksony.

EN

The subject of our studies was phylogenetic analysis of 21-hydroxylase gene, made with several different sources: exons, introns and amino acid seqences. We analized seqences from seven species of Mammalia phylum: human, rat, mouse, dog, pig, cattle and rabbit. Main objective of our studies was to find out what kind of sequences is the best for phylogenetic analisys of 21- hydroxylase gene. Such kind of sequences were exons.

Słowa kluczowe

PL

eksony; sekwencje nukleotydowe; ssaki; sekwencje aminokwasowe; analiza filogenetyczna; introny; gen 21-hydroksylazy steroidowej

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Naukowe Akademii Rolniczej we Wrocławiu. Zootechnika
• Rocznik: 2004
• Tom: 51
• Opis fizyczny: s.311-318,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Strzala T

• Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

autor

Frontczak A

• Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

autor

Plizga A

• Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

autor

Kosowska B

• Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

Bibliografia

• Cavalli-Sforza L.L.: 1998. The DNA revolution in population genetics. Trends Genet.,14, 60-65.
• Chaplin D.D., Galbraith L.J., Seidman J.G., White P.C., Parker K.L.: 1986. Nucleotide sequence analysis of murine 21-hydroxylase genes: mutations affecting gene expression. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 83, 9601-9605.
• Chung B.C., Matteson K.J. and Miller W.L.: 1985. Cloning and characterization of the bovine gene for steroid 21-hydroxylase (P-450c21) DNA 4 (3), 211-219.
• Dayhoff M. O., Schwartz R. M., and Orcutt, B. C.: 1978 A model of evolutionary change in proteins. Matrices for detecting distant relationships In M. O. Dayhoff, (ed.), Atlas of protein sequence and structure, volume 5, 345-358, National biomedical research foundation Washington DC.
• Efron B.: 1982. The jackknife, the bootstrap and other resampling plans. Society for Industrial and Applied Mathematics, Philadelphia.
• Felsenstein J.: 1985. Confidence limits on phytogenies: an approach using the bootstrap. Evolution 39, 783-791.
• Higashi Y., Yoshioka H., Yamane M., Gotoh O., Fuji-Kuriyama Y.: 1986. Complete nucleotide sequence of two steroid-hydroxylase genes tandemly arranged in human chromosome: a pseu- dogene and a genuine gene. Proc Natl Acad Sei USA 83, 2841-2845.
• Manly B.F.J.: 1998. Randomization, bootstrap and Monte Carlo methods in Biology. Second edition. Text in Statistical Science. Chapman & Hall, London-Weinheim-New York-Tokyo- Melbourne-Madras.
• Pendurthi U.R., Lamb J.G., Nguyen N., Johnson E.F. and Tukey R.H.: 1990. Characterization of the CYP2C5 gene in 21L III/J rabbits. Allelic variation affects the expression of P450IIC5 J. Biol. Chem. 265 (24), 14662-14668.
• Ruvolo M.: 1997. Molecular phytogeny of the hominoids: inferences from multiple independent DNA sequence data sets. Mol. Biol. Evol. 14, 248-265.
• Saitou N., and Nei M.: 1987. The neighbour-joining method: a new method for reconstructing phylogenic trees. Mol. Biol. Evol., 4, 406-425.
• Takada K.., Kitamura H., Takiguchi M. and Hashimoto A. 2002.: Cloning of canine 21- hydroxylase gene as a candidate for congenital adrenal hyperplasia-like syndrome in Pomeranians. Research in Veterinary Science, 73, 159-163.
• Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F., Jeanmougin F. and Higgins D.G. 1997.: The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25, 4876-4882.
• Quintanilla R., Demeure O., Bidanel J.P., Milan D., lannuccelli N., Amigues Y., Gruand J., Renard C., Chevalet C. and Bonneau M.: 2003. Detection of quantitative trait loci for fat an- drostenone levels in pigs. J. Anim. Sei., 81 (2), 385-394.
• White P.C., New M.I., Dupont B.: 1986. Structure of human steroid 21-hydroxylase genes. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 83, 5111-5115.
• Zhou M.Y., del Carmen Vila M., Gomez-Sanchez E.P. and Gomez-Sanchez C.E.: 1997. Cloning of two alternatively spliced 21-hydroxylase CDNAs from rat adrenal. J. Steroid. Biochem. Mol. Biol., 62 (4), 277-286.