Wybrane molekularne metody identyfikacji mikroorganizmów w kolekcjach kultur drobnoustrojów

• Autorzy: Jaroszewska E. , Misiewicz A.

Warianty tytułu

EN

New molecular methods for identification of microorganisms used in microbial cultures collections

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Szybko postępujący rozwój metod biologii molekularnej przyczynia się do usprawnienia procesu identyfikacji mikroorganizmów. Ma to duże znaczenie w kolekcjach kultur drobnoustrojów, ponieważ możliwość dokładnego i szybkiego rozpoznawania drobnoustrojów jest dla nich kluczowa. Podstawy identyfikacji molekularnej, polegające na sekwencjonowaniu genów 16S rRNA, opracował Carl Woese. W ostatnich kilku latach dzięki wykorzystaniu jego odkryć opracowano metody pozwalające na dokładną i rutynową identyfikację drobnoustrojów. Metoda PCR/ESI-MS stanowi połączenie reakcjiPCR genów, m.in. 16S rRNA, i spektroskopii masowej, a technika MALDI-TOF/MS wykorzystuje spektroskopię masową do określania profili białkowych drobnoustrojów. Obie techniki w najbliższym czasie mogą stać się podstawą pracy w laboratorium mikrobiologicznym.

EN

Quickly advancing progress in the field of molecular biology methods contributes to theim provement of the process of microorganisms identification.This new developments are importantin work in the microbial cultures collections, since the possibility of a thorough and rapid detection of microorganisms in them is crucial. Basic molecular method of identification by sequencing 16SrRNA genes has been established by Carl Woese. And in the last few years with the use of discoveries such his, methods, which give hope for accurate and routine identification of microorganisms,have been developing. PCR/ESI-MS is a combination of PCR reactions of for example 16SrRNA genes and mass spectroscopy, and MALDI-TOF/MS uses mass spectroscopy to obtain protein profiles of microorganisms. Both techniques in the near future may rise to basic procedures in the microbiological laboratory.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Postępy Nauki i Technologii Przemysłu Rolno-Spożywczego
• Rocznik: 2012
• Tom: 67
• Numer: 4
• Opis fizyczny: s.67-74,bibliogr.

Twórcy

autor

Jaroszewska E.

• Zakład Mikrobiologii, Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego, ul.Rakowiecka 36, 02-532 Warszawa

autor

Misiewicz A.

• Zakład Mikrobiologii, Instytut Biotechnologii Przemysłu Rolno-Spożywczego, ul.Rakowiecka 36, 02-532 Warszawa

Bibliografia

• 1. Adekambi T. i in. (2009). The rpoB gene as a tool for clinical microbiologist. Trends Microbiol., 17, 37-45
• 2. Baker G. i in. (2003). Review and re-analysis of domain-specific 16S primers. J.Microbiol. Meth., 55, 541-555
• 3. Blackwood K.S. i in. (2000). Evaluation of recA sequences for identification of Mycobacterum species. J. Clin. Mirobiol., 38, 2846-2852
• 4. Bizzini A. i in. (2010). Performance of matrix-assisted laser desorption ionization –time of flight mass spectrometry for identification of bacterial strains routinely isolated in a clinical microbiology laboratory.J.Clin. Microbiol., 48,1529-54
• 5. Cherkaoui A. i in. (2010). Comparison of two matrix –assisted laser desorption ionization –time of flight mass spectrometry methods with conventional phenotypic identification for routine identification of bacteria to the species level. J. Clin. Microbiol., 48, 1169-75
• 6. Cloud J.L. i in. (2002). Idenification of Mycobacterium spp. by using a commercial 16S ribosomal DNA sequencing kit and additional sequencing libraries.J. Clin. Microbiol., 40, 400-406
• 7. Huber H. i in. (2002). A New phylum of Archaea represented by a nano sized hyperthermophilic symbiont. Nature, 417, 63-67
• 8. Hugenholtz P. i in. (1998). Novel division level bacterial dversity in a Yellowstone hot spring. J. Bacteriol., 180, 366-376
• 9. Kaleta E.J. i in. (2011a). Use of PCR Coupled with Electrospray Ionization Mass Spectrometry for Rapid Idenification of Bacterial and Yeast Bloodstream Pathogens from Blood Culture. J. Clin. Microbiol., 49 (1), 345-353
• 10. Kaleta E.J. i in. (2011b). Comparative Analysis of PCR-Electrospray Ionization/Mass Spectrometry [MS] and MALDI-TOF/MS for the Identification of Bacteria and Yeast from Positive Blood Culture Bottles. Clin. Chem., 57, 1057-1067
• 11. Kommedal Ø.i in. (2011). Characterization of polybacterial clinical samples using a set of group-specific broad-range primers targeting the 16S rRNA gene followed by DNA sequencing and RipSeq analysis.Journal of Medical Microbiology, 60, 927-936
• 12. Nilson C.L. (1999). Fingerprinting of Helicobacter pyloristrains by matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometric analysis. Rapid Commun Mass Spectrom, 13, 1067-1071
• 13. Park J.W. i in. (2006). Quantitative analysis of representative proteome components and clustering of Helicobacter pylori clinical strains. Helicobacter, 11, 533-543
• 14. Patel R. (2012). Bacterial identification Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry. http://www.mayomedicallaboratories.com/articles/hottopics/transcripts/2012/02-bact-id/index.html
• 15. Ringuet H. i in. (1999). hsp65 sequencing for identification of rapidly growing mycobacteria.J. Clin. Mirobiol., 37, 852-857
• 16. Seng O. i in. (2009). Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry. Clinical infectious Diseases, 49, 543-551
• 17. Vermeulen E. i in. (2012). Update on the evolving role of MALDI-TOF MS for laboratory diagnosis of fungal infections. Adv. Diag. Inv. Fungal Inf., 6, 206-214
• 18. WeisburgW.G. i in. (1991). 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study.J.Bacteriol.,173(2), 697-703
• 19. WoeseC.R. i in.(1977).Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,74(11), 5088-5090

Uwagi

Rekord w opracowaniu