PL
W pracy oceniano specyficzność 2 par starterów (XcpM1, XcpM2 i SMf, SMr) oraz przydatność 3 metod izolacji i oczyszczania DNA (na kolumnach Genomic Mini, metodą lizy alkalicznej i inkubacji w 100°C) do testów PCR na obecność X. h. pv. Pelargonii. Wysoką specyficzność wykrywania DNA tylko szczepów i izolatów X. h. pv. pelargonii uzyskano w wyniku reakcji PCR z zastosowaniem tylko jednej pary starterów - XcpMl i XcpM2. Najwyższą czułość wykrywania X. h. pv. pelargonii w materiale roślinnym (101 jtk·ml-1) obserwowano po wstępnej, 24-godzinnej inkubacji maceratu roślinnego na pożywce YNA. W przypadku detekcji patogena bezpośrednio w ekstrakcie roślinnym czułość reakcji PCR była niższa i zależała od sposobu izolacji DNA. Najwięcej bakterii (103-104 jtk·ml-1) wykrywano, gdy DNA oczyszczano metodą lizy alkalicznej, 100-krotnie mniej po zastosowaniu kolumn Genomie Mini (A&A Biotechnology). W przypadku izolacji DNA poprzez inkubację w 100°C nie obserwowano żadnych produktów amplifikacji. Przy użyciu starterów XcpM1 i XcpM2 w reakcji PCR z DNA bakterii izolowanym i oczyszczanym na kolumnach jak również metodą lizy alkalicznej było możliwe wykrycie patogena we wszystkich próbach zbiorczych składających się z 10, 50, 100 i 200 pojedynczych próbek (0,5 cm fragmentów ogonków) pochodzących ze zdrowych roślin, i jednej pobranej z rośliny porażonej X. h. pv. pelargonii.
EN
Two primer sets (XcpM1, XcpM2 and SMf, SMr) were tested for their specificity in detection of Xanthomonas hortorum pv. pelargonii, the causal agent of bacterial blight on pelargonium. The primers XcpM1 and XcpM2 amplified DNA of only X. h. pv. pelargonii strains whereas primers SMf and SMr, beside the DNA of X. h. pv. pelargonii, amplified also DNA of other bacteria belonging to Xanthomonas genus. The possibility of sensitive detection of X. h. pv. pelargonii directly in plant material as well as after plant sample preincubation on microbiological medium was checked. In both cases 3 methods of DNA isolation were tested: on Genomic Mini columns, alcaline lysis and extraction of DNA by incubation at 100°C. The highest sensitivity (101 cfu/ml) was obtained after 2-3 day preincubation of plant extract on the YNA medium and it was independent of the DNA isolation method. In samples, where bacteria were detected directly in plant material, sensitivity of detection was lower and it dependent on the DNA isolation method. The lowest number of bacteria (103-104 cfu/ml of plant extract) was detected when DNA was isolated using alcaline lysis. The PCR technique and specific primers XcpM1 and XcpM2 allowed for detection of X. h. pv. pelargonii in all combined samples composed of the geranium petioles (0.5 cm) collected from healthy and affected plants and mixed in different ratio: 10:1, 50:1, 100:1, 200:1.