Diversity of Pseudomonas species associated with soft rot of plants in Poland

• Autorzy: Zolobowska L , Pospieszny H.
• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

A total of 94 pectolytic and 60 nonpectolytic Pseudomonas isolates were obtained from 250 samples of rotted vegetable specimens representing various economically important vegetables. The isolates were identified on the basis of standard biochemical tests. Pseudomonas fluorescens biovar V and II and Pseudomonas putida were the most abundant species among pectolytic isolates and Pseudomonas fluorescens biovar I among nonpectolytic ones. Only 3 Pseudomonas viridiflava isolates were identified and all of them were obtained from potato. Isolates of pectolytic phenotype were scattered among nonpectolytic ones irrespective of their taxonomical status. Isolates identified biochemically, as Pseudomonas marginalis were also present in nonpectolytic group. PCR method is unsuitable for identification and differentiation of bacteria belonging to pectolytic fluorescens Pseudomonas group due to great diversity of species. However, the results of PCR amplification of the genes encoding pectate lyase suggest that genes responsible for production of this enzyme may also be present in isolates of nonpectolytic phenotype.

PL

Z 250 prób, z różnych gatunków roślin warzywnych z objawami mokrej zgnilizny wyodrębniono 94 izolaty pektynolitycznych i 60 izolatów nie pektynolitycznych bakterii z rodzaju Pseudomonas. Identyfikację i różnicowanie izolatów przeprowadzono przy zastosowaniu standardowych testów fizjologiczno-biochemicznych. Spośród izolatów z grupy pektolitycznych Pseudomonas najliczniej występował gatunek P. fluorescens, który był reprezentowany przez 4 biowary (oprócz czwartego), przy czym dominowały biowary II i V. Mniej licznie występował gatunek P. putida, a P. viridiflava był reprezentowany jedynie przez 3 izolaty, pochodzące z ziemniaka. Podobna była struktura populacji izolatów z grupy niepektolitycznych Pseudomonas. Metoda PCR okazała się być mało przydatna do wykrywania i różnicowania izolatów z grupy pektolitycznych Pseudomonas ze względu na duże ich zróżnicowanie. Amplifikacja DNA metodą PCR wykazała, że geny kodujące enzym liazy pektynowej występują także w izolatach niepektolitycznych rodzaju Pseudomonas.

Słowa kluczowe

EN

Pseudomonas fluorescens; Poland; Pseudomonas; polymerase chain reaction; occurrence; Pseudomonas putida; heterogeneity; identification; plant

• Wydawca: -
• Czasopismo: Journal of Plant Protection Research
• Rocznik: 2001
• Tom: 41
• Numer: 1
• Opis fizyczny: p.67-76,fig.

Twórcy

autor

Zolobowska L

• Institute of Plant Protection, Miczurina 20, 60-318 Poznan, Poland

autor

Pospieszny H.

Bibliografia

• 1. Cuppels D., Kelman A. 1974. Evaluation of selective media for isolation of soft- rot bacteria from soil and plant tissue. Phytopath., 64: 468-575.
• 2. Gitaitis R.D., Sanders F.H., Walcott R.R. 1998. Polymerase chainn reaction and ELISA for the identification of Burkholderia cepacia and Pseudomonas viridiflava, bacterial pathogens of onion. 7th International Congress of Plant Pathology, Edinburgh, Scotland 9-16 August 1998. Vol. 3 Abstr. 3.3.33.
• 3. Hildebrand D.C., Schroth M.N., Sands D.C. 1988. Pseudomonas p.60-80. In: Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria (Schaad N.W., ed.). Bacteriology Committee of The American Phytopathological Socicty. St. Paul. Minnesota.
• 4. Holt J.G., Krieg N.R., Sneath P.H.A., Staley J.T., Wiliams S.T. 1994. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. 9th ed. pp. 787 Williams et Wilkins Comp., Baltimore.
• 5. Janse J.D., Derks J.H.J., Spit B.E., van der Tuin W.R. 1992. Classification of fluorescent soft rot Pseudomonas bacteria including P. marginalis strains, using whole fatty acid analysis. Syst. Appl. Microbiol., 15: 538-553.
• 6. Lelliott R.A., Stead D.E. 1987. Methods for the Diagnosis of Bacterial Diseases of Plants. p.216. Blackwell Scientific Publications, Oxford, vol. 2.
• 7. Liao C.H. 1991. Cloning of pectate lyase gene pel from Pseudomonas fluorescens and detection of sequences homologous to pel in Pseudomonas viridiflava and Pseudomonas putida. J Bacteriol., 173: 4386-4393.
• 8. Liao C.H., McCallus D.E., Fett W.F. 1994. Molecular characterization of two gene loci required for production of the key pathogenicity factor pectate lyase in Pseudomonas viridiflava. Mol. Plant-Microbe Interact 7: 391-400.
• 9. Liao C.H., McCallus D.E., Wells J.M. 1993. Calcium-dependent pectate lyase production in the soft-rotting bacterium Pseudomonas fluorescens. Phytopath., 83: 813-818.
• 10. Liao C.H., Wells J.M. 1986. Properties of Cytophaga johnsonae strains causing spoilage of fresh produce at food markets. Appl. Environ. Microbiol., 52: 1261-1265.
• 11. Liao C.H., Wells J.M. 1987a. Diversity of pectolytic, fluorescent pseudomonads causing soft rots of fresh vegetables at produce markets. Phytopath., 77: 673-677.
• 12. Liao C.H., Wells J.M. 1987b. Association of pectolytic strains of Xanthomonas campestris with soft rots of fruits and vegetables at retail markets. Phytopath., 77: 418-422.
• 13. Nikaidou N., Kamio Y., Izaki K. 1993. Molecular cloning and nucleotide sequence of the pectate lyase gene from Pseudomonas marginalis N6301. Biosci. Biotech. Biochem, 57: 957-960.
• 14. Palleroni N.J. 1984. Genus VI. Pseudomonas. p. 141-199.In “Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology”. (Krieg N.R., Holi J.R., eds). Williams & Wilkins, Baltimore vol. 1.
• 15. Rychlik W., Rhoads R.E. 1989. A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and for in vitro amplification of DNA. Nucleic Acids Research 17: 8543-8551.
• 16. Sands D.C., Hankin L. 1975. Ecology and physiology of fluorescent pectolytic pseudomonads. Phytopath., 65: 921-923.
• 17. Wang J.S., Kelman A. 1982. Population of pectolytic bacteria on soil in relation to depth and cropping history. (Abstr.) Phytopath., 72: 1140-1141.
• 18. Young J.M., Saddler G.S., Takikawa Y., De Boer S.H., Vauterin L., Gardan L., Gvozdyak R.I., Stead D.E. 1996. Names of plant pathogenic bacteria 1864-1995. Rev. Plant Pathology 75: 721-762.
• 19. Żołobowska L. 1998. Występowanie i charakterystyka bakterii z rodzaju Erwinia wywołujących mokrą zgniliznę roślin w Polsce. Ph.D Thesis, Institute of Plant Protection, Poznań.
• 20. Żołobowska L., Pospieszny H. 1998. PCR detection of Erwinia carotovora ssp. carotovora from various plants in Poland. 7th International Congress of Plant Pathology, Edinburgh, Scotland 9-16 August 1998. Vol. 3 Abstr. 3.3.43.