The polymorphism of 24 microsatelite loci in 4 Polish cattle breeds

• Autorzy: Sawicka-Zugaj W.

Warianty tytułu

PL

Polimorfizm 24 loci mikrosatelitarnych DNA u 4 polskich ras bydła

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The aim of the studies was to evaluate the polymorphism of 24 microsatellite DNA sequences in 4 Polish cattle breeds, i.e. the Whitebacks (BG) –100 animals, the Polish Red (RP) – 60 animals, the Polish Black-and-White (BW) – 50 animals and the Polish Holstein-Friesian of Black-and-White variety (PHF-HO) – 50 animals. The most polymorphic loci of all races were: TGLA53, TGLA227, TGLA122, INRA037 and HEL9, in which 17, 15, 14, 13 and 12 different alleles were identified, respectively. Allele 186-bp at ILSTS005 locus was the most frequent in BG (0.675), allele 101 bp in locus INRA035 was the most frequent in RP and BW (with the value of 0.742 and 0.730, respectively) and 163 bp allele in HEL5 locus of race PHF- -HO (0.637). Using a total of 24 loci, the probability to exclude a wrong parent for each of the races was 0.999.

PL

Celem badań była ocena polimorfizmu 24 sekwencji mikrosatelitarnych DNA u 4 polskich ras bydła, tj. białogrzbietej (BG) – 100 szt., polskiej czerwonej (RP) – 60 szt., polskiej czarno-białej (BW) – 50 szt. oraz polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej odmiany czarno-białej (PHF-HO) – 50 szt. Najbardziej polimorficzne u wszystkich ras były loci: TGLA53, TGLA227, TGLA122, INRA037 oraz HEL9, w których zidentyfikowano odpowiednio: 17, 15, 14, 13 i 12 różnych alleli. U rasy BG najwyższą częstością występowania charakteryzował się allel 186 pz w locus ILSTS005 (0,675), u RP i BW – 101 pz w locus INRA035, który osiągnął odpowiednio wartość 0,742 dla RP i 0,730 dla BW oraz allel 163 pz w locus HEL5 u rasy PHF-HO (0,637). Przy zastosowaniu 24 loci łącznie, prawdopodobieństwo wykluczenia niewłaściwego rodzica dla każdej z ocenianych ras wyniosło 0,999.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego
• Rocznik: 2011
• Tom: 07
• Numer: 4
• Opis fizyczny: p.21-31,ref.

Twórcy

autor

Sawicka-Zugaj W.

• Department of Breeding and Protection of Genetic Resources of Cattle, University of Life Sciences in Lublin, Akademicka 13, 20-950 Lublin, Poland

Bibliografia

• 1. CHARON K.M., ŚWITOŃSKI M., 2005 – Genetyka zwierząt. PWN, Warszawa
• 2. ELLEGREN H., 2004 – Microsatellites: simple sequences with complex evolution. Nature Reviews Genetics 5, 435-445.
• 3. JOHANSSON M., ELLEGREN H., ANDERSSON L., 1992 – Cloning and characterization of highly polymorphic porcine microsatellites. Journal of Heredity 83, 196-198.
• 4. KANTANEN J., OLSAKER I., HOLM L.-E., LIEN S., VILKKI J., BRUSGAARD K., EYTHORSDOTTIR E., DANELL B., ADALLSTEINSSON S., 2000 – Genetic diversity and population structure of 20 North European cattle breeds. Journal of Heredity 91 (6), 446- -457.
• 5. LI Y.C., KOROL A.B., FATIMA T., BEILES A., NEVO E., 2002 – Microsatellite: genomic distribution, putative functions and mutational mechanisms: a review. Molecular Ecology 11, 2453-2465.
• 6. LI Y.C., KOROL A.B., FATIMA T., NEVO E., 2004 – Microsatellite within genes: structure, function and evolution. Molecular Biology and Evolution 21, 991-1007.
• 7. LITT M., LUTY J.A., 1989 – A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene. American Journal of Human Genetics 44, 397-401.
• 8. LUCHOWIEC J., 1998 – Najważniejsze osiągnięcia nauk zootechnicznych w latach 1946- -1996. Przegląd Hodowlany 6, 1-5.
• 9. PISARCHIK A.V., KARTEL N.A., 2000 – Simple repetitive sequences and gene expression. Molecular Biology 34, 303-307.
• 10. RICHARD G.F., PÂQUES F., 2000 – Mini- and microsatellite expansion: the recombination connection. EMBRO Reports 1, 122-126.
• 11. RIOJAS-VALDÉS V., GÓMEZ-DE-LA-FUENTE J.C., GARZA-LOZANO J.M., GALLARDO- BLANCO D.C., DE TELLITU-SCHUTZ J.N., WONG-GONZALÉS A., DÁVALOS- -ARANDA G., SALINAS-MELÉNDEZ J.A., 2009 – Exclusion probabilities of 8 DNA micro- satellites in 6 cattle breeds from Northeast Mexico. Journal of Animal and Veterinary Advances 8, 62-66.
• 12. SAWERA M., GRUSZCZYŃSKA J., ŚWIDEREK W., 2001 – Charakterystyka markerów mikrosatelitarnych. Przegląd Hodowlany 4, 3-4.
• 13. SAWICKA-ZUGAJ W., 2009 – Ocena zmienności genetycznej w istniejącej populacji bydła białogrzbietego na podstawie markerów mikrosatelitarnych DNA. Rozprawa doktorska, Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie.
• 14. SITKOWSKA B., 2006 – Markery mikrosatelitarne w hodowli bydła. Przegląd Hodowlany 4, 6-9.
• 15. TAKEZAKI N., NEI M., 1996 – Genetic distances and reconstruction of phylogenetic trees from microsatellite DNA. Genetics 144, 389-399;
• 16. VAN LITH H.A., VAN ZUTPHEN L.F., 1996 – Characterization of rabbit DNA microsatellites extracted from the EMBL nucleotide sequence database. Animal Genetics 27, 387-395.
• 17. ŻURKOWSKI M., NIEMCZEWSKI C., ZWIERZCHOWSKI L., ZIĘBA G., LITWIŃCZUK Z., 2004 – Określenie zmienności genetycznej bydła polskiego czerwonego i białogrzbietego na podstawie polimorfizmu 24 sekwencji mikrosatelitarnych DNA. Prace i Materiały Zootechniczne 62, 59-73.
• 18. http://www.projects.roslin.ac.uk/cdiv/markers.html

Uwagi

PL

Rekord w opracowaniu.