Dane o występowaniu sów w PuszczyAugustowskiej są niepełne i częściowo oparte o przypadkowe obserwacje. Realizowany w 2004 r. w całej Puszczy Augustowskiej oraz w 2009 r. w Nadleśnictwie Augustów program Bubobory pozwolił na wykrycie stanowisk 5 gatunków sów: puchacza Bubo bubo, puszczyka Strix aluco, sóweczki Glaucidium passerinum, włochatki Aegolius funereus oraz pójdźki Athene noctua. Najliczniejszym gatunkiem był puszczyk. W ramach programu Bubobory w 2009 r. stwierdzono 4 zajęte rewiry puchacza, 10 rewirów włochatki i 7 sóweczki oraz 33 rewiry puszczyka. Kolejne stanowiska włochatki i sóweczki wykryto poza terenem realizacji projektu Bubobory. Liczebność włochatki na obszarze Puszczy Augustowskiej wykazuje fluktuacje w kolejnych latach. Rozmieszczenie sóweczki i włochatki jest ograniczone do płatów najstarszych drzewostanów.