Stopień skażenia powietrza w zakładach mleczarskich zależy od stanu sanitarnego pomieszczeń produkcyjnych, sprzętów, kanalizacji ściekowej i wentylacji, jakości mikrobiologicznej surowców, półproduktów i produktów oraz higieny osobistej personelu. Liczbę drobnoustrojów w powietrzu w pomieszczeniach, gdzie pakowane są produkty, oznaczano metodą sedymentacyjną Kocha. Skażenie powietrza w poszczególnych działach produkcyjnych zależne było od intensywności pracy w tych działach. Najlepszym sposobem wykluczającym możliwość zakażeń bakteriami pochodzącymi z powietrza jest produkcja wyrobów mleczarskich w systemie zamkniętym. Pakowanie na automacie (PKG-2 firmy Unipak) wyposażonym w komorę z laminarnym przepływem czystego powietrza znacząco obniżało możliwość wtórnego zakażenia produktu.