Wapń znajdujący się w organizmie człowieka w 99% zdeponowany jest w kościach, zębach i paznokciach w postaci trudno rozpuszczalnych hydroksyapatytów, fosforanów i węglanu wapnia. Pozostała część wapnia (1%) rozmieszczona jest w tkankach i płynach ustrojowych. Pierwiastek ten jest również substancją mediatorową, przetwarzającą bodziec chemiczny, fizyczny lub hormonalny na określony efekt biologiczny (uwalnianie enzymów, neuroprzekaźników, hormonów itd.). Uczestniczy on w wymianie między komórką a jej otoczeniem lub między organellami komórkowymi (kanały wapniowe). Wapń jest też przekaźnikiem w synapsach nerwowych oraz bierze udział w skurczu mięśni (wyznacznik progu pobudliwości komórek poprzez regulację przepuszczalności błon dla jonów sodu).