Aktualnie na terytorium Polski najbardziej zagrożonych jest 37 taksonów minogów i ryb. W najwyższych kategoriach (EXP, EW, CR) znajdują się gatunki anadromiczne (jesiotr ostronosy Acipenser oxyrhynchus, łosoś Salmo salar, minóg morski Petromyzon marinus, parposz Alosa fallax, aloza A. alosa, certa Vimba vimba, ciosa Pelecus cultratus, minóg rzeczny Lampetra fluviatilis) oraz głowacica (Hucho hucho). W kategoriach EN i VU jest 12 gatunków o specyficznych wymogach środowiskowych (strzebla błotna Eupallasella percnurus, piekielnica Alburnoides bipunctatus, minóg ukraiński Eudontomyzon mariae, minóg strumieniowy Lampetra planeri, kiełb białopłetwy Gobio albipinnatus, różanka Rhodeus sericeus, koza złota bałkańska Sabanejewia balcanica, koza z. bałtycka S. baltica, piskorz Misgurnus fossilis, stynka Osmerus eperlanus, głowacz białopłetwy Cottus gobio i pręgopłetwy C. poecilopus). W grupie gatunków niezagrożonych (LC) znajduje się zaledwie 19 gatunków, co stanowi 29,7 % rodzimej ichtiofauny. Obejmuje ona gatunki o niewielkich wymaganiach środowiskowych i tolerujących zanieczyszczenia wód.