Preferencje help
Polish version English version Język
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników

Znaleziono wyników: 17

Liczba wyników na stronie
Pierwsza strona wyników Pięć stron wyników wstecz Poprzednia strona wyników Strona / 1 Następna strona wyników Pięć stron wyników wprzód Ostatnia strona wyników

Wyniki wyszukiwania

Wyszukiwano:
w słowach kluczowych:  analiza filogenetyczna
help Sortuj według:

help Ogranicz wyniki do:
Pierwsza strona wyników Pięć stron wyników wstecz Poprzednia strona wyników Strona / 1 Następna strona wyników Pięć stron wyników wprzód Ostatnia strona wyników
1

Analiza filogenetyczna genu 21-hydroksylazy steroidowej u przedstawicieli gromady Mammalia

100%
Strzala T., Frontczak A., Plizga A., Kosowska B.
Zeszyty Naukowe Akademii Rolniczej we Wrocławiu. Zootechnika
|
2004
|
tom 51
311-318
W pracy dokonano analizy filogenetycznej genu 21 -hydroksylazy steroidowej w oparciu o różne typy sekwencji: eksonowe, intronowe oraz aminokwasowe, pochodzące od 7 gatunków gromady Mammalia (człowieka, szczura, myszy, psa, świni, bydła oraz królika). Celem było wytypowanie sekwencji, która na dendrogramie utworzy węzły o wysokiej istotności, spełniając kryteria poprawnej analizy filogenetycznej. Takim typem sekwencji okazały się eksony.
2

Analiza filogenetyczna polskich szczepow wirusa posocznicy krwotocznej ryb

100%
Ruszczyk A., Grawinski E., Schollenberger A., Nowak Z., Niemialtowski M.
Medycyna Weterynaryjna
|
2007
|
tom 63
|
nr 09
1120-1124
Viral hemorrhagic septicemia (VHS) is an emerging disease posing a threat to the European rainbow trout industry. In Poland VHS is diagnosed in every fifth rainbow trout farm. Glycoprotein encoded by gene G of VHSV facilitates virus entrance into the cell and is an important antigen responsible for neutralizing antibody production. Based on sequence analysis of this gene 4 major genotypes of VHSV, with many different sub-groups, have been established. To analyze several Polish strains of VHSV we applied one step RT-PCR and semi-nested PCR for detecting and sequencing the gene encoding variable fragment of virus glycoprotein. We tested 28 samples of spleen and liver from rainbow trout of various sizes (70-300 g). The fish originated from 10 different farms in North-west Poland. Ten virus strains from 3 different rainbow trout farms were isolated in EPC. They were subsequently proved to be VHSV by means of the RT-PCR method. Semi-nested PCR appeared to be more sensitive, since 12 samples out of 28 were identified as being VHSV positive, whereas only 6 samples were positive using RT-PCR. Sequences of gene encoding variable glycoprotein fragments (320 bp) of 5 randomly chosen Polish VHSV strains appeared to be identical, indicating the common origin of VHS outbreaks in all examined rainbow trout farms. Phylogenetic analysis was performed using sequences of one representative Polish VHSV strain and sequences of 22 strains belonging to 4 different genotypes as was previously published. In accordance with earlier results all the VHSV strains sequences were clustered in 4 genotypes. Polish VHSV strain clustered in genotype Ia as did other continental strains of VHSV.
3

Nowe spojrzenie na filogeneze z punktu widzenia genomiki

100%
Sobczynski M., Mackiewicz P., Mackiewicz D., Smolarczyk K., Cebrat S.
Biotechnologia
|
2005
|
nr 3
102-117
4

Analiza filogenetyczna archiwalnych prob jesiotra zachodniego [Acipenser sturio L.]

100%
Fopp-Bayat D., Ciesielski S., Luczynski M.
Komunikaty Rybackie
|
2005
|
nr 5
25-27
5

Badania filogenetyczne wirusa RHD

100%
Dzialo J., Deptula W.
Medycyna Weterynaryjna
|
2015
|
tom 71
|
nr 01
RHD virus (RHDV), which causes rabbit hemorrhagic disease, is the object of phylogenetic studies. The results of these studies provide valuable information on this pathogen. The purpose of present review is to summarize current knowledge about the phylogenetic position of this virus. The paper discusses the results of previous phylogenetic studies of RHDV, including factors affecting the shape of the phylogeny of this species and the diversity of RHDV strains in different parts of the world. It also presents the results of phylogenetic analysis of RHDV enriched with non-pathogenic and low pathogenic strains of rabbit lagoviruses, as well as phylogenetic analyses performed using modern Bayesian methods. The paper also highlights the unclear situation of Lagovirus taxonomy and shows selected data on the evolution of RHDV, gathered using phylogenetic methods. Finally, the possibility of using rabbit lagoviruses as a model for the study of the evolution of mammalian ssRNA(+) viruses has been shown.
6

Analiza filogenetyczna szczepow wirusa choroby Derzsyego izolowanych od gesi w Polsce

84%
Kozdrun W., Mato T., Palya V., Samorek-Salamonowicz E., Krol K., Wozniakowski G.
Medycyna Weterynaryjna
|
2008
|
tom 64
|
nr 08
1051-1054
Derzsy's disease occurring in geese is caused by a virus from the Parvoviridae family called the Derzsy's disease virus or goose parvovirus. For thirty years Derzsy's disease has been observed in Poland and currently it is the cause of large economic losses. The main objective of the study was come up with the molecular characteristics of Derzsy's disease virus strains isolated from field cases. The samples were taken from 65 goose flocks. The geese, 1.5-6-weeks-of-age, were suspected of being affected with Derzsy's disease. Seven viral isolates were isolated from visceral organs of the geese and on the basis of cytopathic changes in goose embryo fibroblasts culture and pathological changes in goose embryos were classified as Derzsy's disease virus strains. One band of 806 bp size, which is characteristic of Derzsy's disease virus, was demonstrated in PCR. On the basis of phylogenetic analysis, the strains were classified as goose parvovirus. The strains were qualified to two phylogenetic groups: vaccine and low pathogenicity strains and field strains. The calculated similarity between the studied strains ranged from 92.3% to 100% and between European strains from 91.3% to 99.5%. On the basis of the authors' research it can be claimed that Polish Derzsy's disease strains differ slightly from each other but all of the strains have a common European origin.
7

Filogenetyczna analiza wirusa wiosennej wiremii karpi SVC identyfikowanego na terenie Polski

84%
Maj-Paluch J., Borzym E., Matras M., Stachnik M., Reichert M.
Medycyna Weterynaryjna
|
2019
|
tom 75
|
nr 05
Spring viremia of carp (SVC) is a disease caused by a virus belonging to the genus Vesiculovirus, family Rhabdoviridae. The SVC virus is divided into four genogroups, Ia, Ib, Ic, and Id, due to its geographical distribution. This study aimed to identify the genotype of the SVC virus circulating in Poland. Polish SVC virus isolates were propagated on EPC and FHM cell lines, and genetic material (RNA) was isolated. The virus was detected in test samples by reverse transcription, sequenced and analyzed using MEGA 6.06 software. The phylogenetic tree was constructed by the Neighbor-Joining method. The results of phylogenetic analysis revealed the presence of two genogroups of the SVC virus in Poland. Most of Polish isolates belonged to the genogroup Id, as do isolates AY196200 from the Czech Republic, Z37505 from Belgium and EF593149 from the United States. Only two Polish isolates from Silesian Voivodeship were more closely related to Chinese and US isolates belonging to the genogroup Ia. There were no isolates belonging to the genogroups Ib and Ic. Nucleotide sequence analysis revealed certain point mutations between particular isolates. Knowledge on the genetic variants of the SVC virus circulating in Poland will be useful in epizootic investigations and preventive measures to protect Polish aquaculture from new variants from the neighboring countries.
8

Warianty systemu filogenetycznego A. L. Tachtadżiana (1942, 1959, 1966, 1970)

84%
Mowszowicz J.
Wiadomości Botaniczne
|
1976
|
tom 20
|
nr 1
9

Zmienność genetyczna zwierząt futerkowych z rodziny Canidae na podstawie analiz jądrowego i mitochondrialnego DNA

67%
Nisztuk-Pacek S.
Medycyna Weterynaryjna
|
2016
|
tom 72
|
nr 08
The aim of the study was to assess the biodiversity of farmed fur animals from the Canidae family (common fox, polar fox, and raccoon dog) using nuclear and mitochondrial markers. The study involved 434 animals. The biological material included whole peripheral blood or skin tissue. The isolated genetic material was subjected to qualitative and quantitative analyses. Mitochondrial DNA (mtDNA) gene fragments (COX1, COX2, CYTB) and nuclear DNA (nDNA) gene fragments (MSTN1, MSTN2, MSTN3, IGF1, GHR) were amplified with the PCR (polymerase chain reaction) technique. The amplicons obtained were sequenced or subjected to PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) reaction, and bioinformatics analyses were performed. The interspecific analysis of the nDNA sequences revealed a total of 25 polymorphisms. On the other hand, the interspecific analysis of the mtDNA gene fragments identified 277 polymorphisms. The COX1 gene fragment exhibited the greatest variability. It was shown that the frequency of polymorphisms within the mitochondrial genome was almost 20-fold higher than that in the nuclear genome of the raccoon dog. It was found that the genetic distances revealed by the analysis of the mitochondrial gene fragments were similar to the results obtained by the nDNA analysis. The genetic distance between the raccoon and common fox was the greatest. The smallest phylogenetic distance was revealed between the two fox species. The study results indicate mitochondrial and nuclear genes may be alternatively used for determining the phylogenetic relationships between fur animals from the Canidae family.
10

Polimorfizm sekwencyjny w locus cytochromu b [mtDNA] u wybranych gatunkow z rzedu Perissodactyla

67%
Nowak Z., Dobrzynski A., Charon K. M.
Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego
|
2005
|
tom 01
|
nr Supl.2
103-107
11

Utajony wirus oliwki 1 (Olive latent virus 1) z pomidora

67%
Pospieszny H., Borodynko N., Hasiow-Jaroszewska B.
Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
|
2010
|
tom 554
W roku 2008, z liści pomidora z objawami nekroz, rosnącego w szklarni w województwie wielkopolskim, wyizolowano wirusa, którego oznaczono jako CM1. Wirus posiada cząstki sferyczne o średnicy około 30 nm i genom w postaci jednoniciowego RNA, o wielkości 3700 nukleotydów. Wirus przeniesiony mechanicznie na rośliny testowe porażał szeroki zakres różnych gatunków roślin, na których powodował objawy lokalne z wyjątkiem Nicotiana benthamiana i N occidentalis, które porażał także systemicznie. RT-PCR ze starterami wiążącymi się niespecyficznie do matrycy (ang. random hexamer primers) oraz sekwencjonowanie uzyskanych produktów pozwoliły na wstępną identyfikację utajonego wirusa oliwki 1 (Olive latent virus 1, OLV-1). Na podstawie sekwencji OLV-1 dostępnych w Banku Genów zaprojektowano startery amplifikujące gen kodujący białko płaszcza (CP) wirusa. Porównanie uzyskanych sekwencji CP potwierdziło identyfikację i wykazało istotne różnice pomiędzy izolatami z pomidora a pozostałymi, i tak: podobieństwo z sekwencją izolatu OLV-1 z tulipana wynosiło 92,5%, z izolatem z oliwki 91,8% i z drzewa cytrusowego 89,5%. Jest to zarówno pierwsza identyfikacja OLV-1 w Polsce, jak i stwierdzenie nowego jego gospodarza jakim jest pomidor.
12

Zróżnicowanie polskich izolatów wirusa żółtej mozaiki cukinii (Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)

59%
Hasiow B., Borodynko N., Rymelska N., Pospieszny H.
Progress in Plant Protection
|
2010
|
tom 50
|
nr 2
Diversity of three isolates of Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) was analyzed by the biological and genetic characterization. Two isolates were collected from zucchini plants and one from cucumber. The symptoms induced on most hosts were different. In addition, analysis of the coat protein (CP) and nuclear inclusion protein b (Nib) of the ZYMV genome revealed high level of nucleotide variability among the isolates. Comparison of the DNA sequences of 22 isolates from different geographical regions worldwide revealed that the Polish isolates belong to different groups and they do not form a monophyletic cluster with European isolates.
13

Nierekombinujące markery DNA jako nowe narzędzia analiz w hodowli zwierząt (cz.1)

59%
Prusak B., Glazewska I., Gralak B.
Przegląd Hodowlany
|
2014
|
tom 82
|
nr 1
14
Artykuł dostępny w postaci pełnego tekstu - kliknij by otworzyć plik
Content available

Oszacowanie dystansu genetycznego u owiec na podstawie polimorfizmu transferyn, hemoglobiny i anhydrazy węglanowej

59%
Bojczuk H., Bojczuk B., Zurkowski M.
Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
|
1988
|
tom 352
На основании анализа трех полиформных систем белков ( Hb ,Tf и CA), рассматривая частоту аллелей, коэффициент гомозиготности, коэффициент „чистопородности", коэффициент сродственности и генетическую дистанцию, можно говорить о существенных генетических различиях между сравниваемыми четырьмя популяциями овец: мериносом, низинной овцой и овцой разновидности Желязна.
15

Występowanie i identyfikacja wirusów: żóltej mozaiki cukinii (Zucchini yellow mosaic virus) i mozaiki arbuza (Watermelon mosaic virus) na cukinii w Polsce

51%
Borodynko N., Hasiow-Jaroszewska B., Pospieszny H.
Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
|
2010
|
tom 554
Wirus żółtej mozaiki cukinii (Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV) oraz mozaiki arbuza (Watermelon mosaic virus, WMV) są bardzo powszechne i należą obecnie do najgroźniejszych patogenów wirusowych roślin dyniowatych, powodujących duże straty ekonomiczne w uprawach cukinii. W latach 2003-2008 zebrano kilka izolatów ZYMV, różniących się między sobą zarówno biologicznie, jak i genetycznie. Porównywane przez nas izolaty porażały różny zakres roślin wskaźnikowych. Dodatkowo, przeprowadzając charakterystykę dwóch regionów genomu: białka płaszcza oraz białka Nib wykazano, że polskie izolaty należą do różnych grup filogenetycznych i nie tworzą jednej grupy z izolatami europejskimi. W roku 2008, w 15 roślinach cukinii z objawami mozaiki na liściach stwierdzono obecność WMV. Sekwencja nukleotydów polskiego izolatu WMV, w porównaniu z sekwencjami dostępnymi w Banku Genów, wykazała 98% podobieństwa z sekwencjami izolatów z Chin i z Korei i tylko 93% z izolatami z Francji i Pakistanu.
16

Wirus nekrozy pomidora [Tomato torrado virus] - nowy patogen pomidora

51%
Pospieszny H., Borodynko N., Hasiow B., Obrepalska-Steplowska A., Budziszewska M.
Progress in Plant Protection
|
2008
|
tom 48
|
nr 3
1085-1096
17

Wirus nekrozy pomidora (Tomato torrado virus) nowy wirus przenoszony przez mączlika szklarniowego (Trialeurodes vaporariorum)

43%
Pospieszny H., Budziszewska M., Hasiow B., Obrepalska-Steplowska A., Borodynko N.
Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
|
2008
|
tom 529
Dwukrotnie, w roku 2003 i 2007, z pomidora szklarniowego z objawami nekrozy liści wyizolowano wirusa sferycznego. Występowniu wirusa każdorazowo towarzyszyła obecność mączlika szklarniowego (Trialeurodes vaporariorum). Eksperymentalnie po raz pierwszy wykazano, że mączlik szklarniowy jest wektorem wirusa sferycznego. Mączlik szklarniowy przenosił wirusa bardzo efektywnie (100%). Wirus porażał zakres roślin głównie z rodziny psiankowatych. Badania w mikroskopie elektronowym wykazały, że wirus ma średnicę ok. 28 nm, występuje w soku w niskiej koncentracji w postaci pojedyńczych cząstek, a w oraganach komórkowych w postaci skupisk podobnych do kryształów. Oczyszczone preparaty wirusa sedymentowały w gradiencie gęstości sacharozy w postaci 2 stref, wynikających z 2 typów cząstek różniących się współczynnikiem sedymentacji. Genom wirusa składa się z dwóch fragmentów: RNA1 o wielkości 7800 pz i RNA2 o wielkości 5400 pz. Białko otoczki wirusowej składa się z 3 podjednostek o wielkości 35, 26 i 23 kD. Opisany w roku 2007 nowy wirus Tomato torrado virus (ToTV) wykazywał duże podobieństwo do polskiego izolatu przenoszonego przez mączlika. Na podstawie sekwencji ToTV zaprojektowano własne startery, które w RT-PCR z polskim izolatem dały produkty o wielkości ok 892 pz dla RNA1 i 573 pz dla RNA2. Produkty te poddano sekwencjonowaniu i porównanie z sekwencjami ToTV wykazało pokrewieństwo 99 i 98% odpowiednio dla RNA1 I RNA2. Podobieństwo objawów chorobowych, morfologii cząstek wirusa, organizacji genomu i wysoki stopień pokrewieństwa genetycznego pozwala uznać polski izolat wirusa sferycznego, przenoszonego przez mączlika szklarniowego, za izolat wirusa nekrozy pomidora (ToTV).
Pierwsza strona wyników Pięć stron wyników wstecz Poprzednia strona wyników Strona / 1 Następna strona wyników Pięć stron wyników wprzód Ostatnia strona wyników
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.