Celem artykułu jest analiza metodyki przeprowadzania oceny oddziaływania inwestycji budowlanych na obszar Natura 2000. Obszary Natura 2000 stanowią najmłodszą z form ochrony przyrody, wprowadzoną do krajowego systemu prawnego w następstwie przystąpienia Polski do Unii Europejskiej. Są one wyznaczane we wszystkich państwach członkowskich Unii w celu utworzenia europejskiej sieci ekologicznej terenów o najcenniejszych walorach przyrodniczych, co nakłada na inwestorów istotne ograniczenia w możliwościach i sposobach ich zabudowy. Nieznajomość wymogów formalnoprawnych i metodycznych towarzyszących procesowi oceny może skutkować nieuzyskaniem decyzji zezwalającej na realizację inwestycji budowlanej lub wydłużeniem czasu potrzebnego na przygotowanie inwestycji do realizacji. W artykule określono i scharakteryzowano etapy i fazy oceny oddziaływania na obszar Natura 2000 z perspektywy inwestora wraz z zasygnalizowaniem najnowszych zmian wynikających ze znowelizowanej ustawy o udostępnianiu informacji o środowisku, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz ocenach oddziaływania na środowisko, a także z potencjalnych zagrożeń dla uzyskania satysfakcjonującego inwestora rozstrzygnięcia. Wskazano również wynikające z przepisów niedostatki metodyczne wyodrębnionych faz.