Pojezierze Mazurskie jest obszarem wododziałowym zlewni Wisły rzek Zalewu Wiślanego, Pregoły i Niemna. Regionalny dział wodny w przybliżeniu pokrywa się z pasem moren czołowych faz vistulianu. Do oceny zasobów wodnych zlewni cząstkowych zastosowano metodę rozdzielenia hydrogramów z 10-dniowym interwałem czasowym. Obliczono moduł zasobów dyspozycyjnych w zlewniach rzek. Zmienia się on od 0,6 do 4,0 dm3/s/km2. Wynika to zarówno z dużej różnicy wskaźnika opadu i ewapotranspiracji (P-E), w granicach 50-210 mm/rok, jak też z różnic właściwości retencyjnych i wodoprzepuszczalności warstw geologicznych w obszarach zlewni.