Bocian czarny Ciconia nigra należy do gatunków objętych ścisłą ochroną gatunkową, a wokół jego gniazd tworzone sa strefy ochroonne. Dodatkowo został on uznany za gatunek wymagający ochrony czynnej. W roku 2004 Towarzystwo Przyrodnicze Bocian rozpoczęło realizację programu pt. Aktywna ochrona bociana czarnego i jego siedlisk. Działania polegają na monitorowaniu stanu populacji w województwie mazowieckim, kontroli przestrzegania zasad ochrony gatunku, renowacji gniazd, oraz na poprawianiu warunków siedliskowych w rejonach występowania bociana czarnego. Zasadniczym celem programu jest ochrona i odtwarzanie leśnych terenów podmokłych, stanowiących tereny lęgowe i żerowiskowe bociana czarnego. Służy temu m.in. poprawa retencji wodnej poprzez budowę zastawek i innych urządzeń hydrotechnicznych na rowach melioracyjnych i małych ciekach wodnych. W pierwszym etapie programu prace hydrologiczne prowadzono na dwóch obiektach położonych w nadleśnictwach Siedlce i Sokołów Podlaski. Łącznie, zbudowano 2 zastawki oraz 33 progi piętrzące wodę. Każdego roku na terenie Niziny Mazowieckiej jest kontrolowanych około 140 stanowisk bociana czarnego, a także poddawane są renowacji gniazda zagrożone (dotychczas zabezpieczono 10 gniazd).