Na podstawie przebadanych w latach 1995-2001 254 próbek krajowych jogurtów i biojogurtów rynkowych (naturalnych i smakowych) w 97% próbek stwierdzono, że liczba mikroflory charakterystycznej dla jogurtu wynosiła powyżej 10⁷ j.t.k./g. Liczba bifidobakterii jako mikroflory dodatkowej była zadowalająca (powyżej 10⁶ j.t.k./g) tylko w 35% badanych próbek biojogurtów. W latach 1995-2001 wyraźnie poprawiła się jakość higieniczna jogurtów i biojogurtów określana na podstawie obecności bakterii z grupy coli. Bakterie te były nieobecne w 0,01 g jogurtu we wszystkich badanych próbkach od 1998 r. Obecność pleśni i drożdży powyżej 10 j.t.k. w 1 g jogurtu lub biojogurtu w latach 1995-1997 stwierdzono w 73% próbek, a w latach 2000-2001 w 19% próbek.