PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
2010 | 555 |
Tytuł artykułu

Efektywność metod pobierania próby w tworzeniu kolekcji podstawowej pszenżyta jarego przy użyciu danych fenotypowych

Warianty tytułu
EN
Efficiency of sampling strategies to develop a core collection of the Polish spring triticale germplasm resources using phenotypic data
Języki publikacji
PL
Abstrakty
PL
Kolekcje podstawowe powstają z ograniczonej liczby obiektów zgromadzonych dotychczas w kolekcji zasobów genowych, wybranych tak, aby reprezentowały zmienność całej kolekcji. Celem tworzenia kolekcji podstawowych jest efektywniejsze wykorzystanie aktualnie zgromadzonych zasobów genowych w programach hodowlanych roślin. W pracy oceaniono efektywność 18 metod pobierania próby, będących kombinacją trzech frakcji próby (wielkości kolekcji podstawowych), dwóch metod analizy skupień oraz trzech metod alokacji obiektów, w trakcie tworzenia kolekcji podstawowej pszenżyta jarego w oparciu o dane fenotypowe. Wraz ze wzrostem wielkości próby wzrasta reprezentatywność zróżnicowania fenotypowego w kolekcji podstawowej pszenżyta jarego. Kolekcje podstawowe stanowiące 20% kolekcji wyjściowej są w wystarczająco reprezentatywne. Metoda Warda analizy skupień podzieliła obiekty w kolekcji wyjściowej w taki sposób aby uzyskać bardziej reprezentatywną kolekcję podstawową, niż podział obiektów metodą UPGMA. W przedstawionych analizach, dwie pośród trzech zastosowanych metod alokacji obiektów, proporcjonalna i D2 charakteryzowały się wysokim poziomem reprezentatywności.
EN
A core collection consists of a limited number of accessions in an existing collection, chosen to represent the genetic variability in the whole collection plant genetic resources. The purpose of a core collections is to improve the use of genetic resources in crop improvement programs. The objective of this research was to evaluate efficiency of 18 sampling strategies which are combinations of three sampling intensities (sizes of core collections), two clustering methods and three sampling allocations when forming core collections of the Polish spring triticale genetic resources using phenotypic data. Increasing sampling intensity improves phenotypic diversity representativeness of core collections for spring triticale. Core collection including at least 20% of entire collection is sufficient to be representative enough. Ward’s method of cluster analysis enables to stratify spring triticale entire collection in such a way as to draw more representative core collections than when using the UPGMA method. In the present analysis, two out of three sampling strategies, proportional and D2, were characterized by a high level of effectiveness.
Wydawca
-
Rocznik
Tom
555
Opis fizyczny
s.409-418,tab.,wykr.,bibliogr.
Twórcy
autor
  • Katedra Doświadczalnictwa i Bioinformatyki, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego, ul.Nowoursynowska 159, 02-776 Warszawa
autor
autor
Bibliografia
  • Brown A.H.D. 1989. Core collections: a practical approach to genetic resources management. Genome 31: 818-824.
  • Crossa J., Franco J. 2004. Statistical methods for classifying genotypes. Euphytica 153: 19-37.
  • Frankel O.H. 1984. Genetic perspectives of germplasm conservation, w: Genetic manipulation: impact on man and society. Arber W., Llimensee K., Peacock W.J., Starlinger P. (red.). Cambridge University Press, Cambridge: 161-170.
  • Franco J., Crossa J., Taba S., Shands H. 2005. A sampling strategy for conserving genetic diversity when forming core subsets. Crop Sci. 45: 1035-1044
  • Franco J., Crossa J., Warburton M.L., Taba S. 2006. Sampling strategies for conserving maize diversity when forming core subsets using genetic markers. Crop Sci. 46: 854-864.
  • Jansen J., van Hintum Th. 2007. Genetic distance sampling: a novel sampling method for obtaining core collections using genetic distances with an application to cultivated lettuce. Theor. Appl. Genet. 114: 421-428.
  • Kim K.W., Cheng H.K., Cho G.T., Ma K.H., Chandrabalan D., Gwag J.G., Kim T.S., Cho E.G., Park Y.J. 2007. PowerCore: a program applying the advanced M strategy with a heuristic search for establishing core sets. Bioinformatics 23: 2155-2162.
  • Li Y., Shi Y., Cao Y., Wang T. 2005. Establishment of a core collection for maize germplasm preserved in Chinese National Genebank using geographic distribution and characterization data. Genetic Resources and Crop Evolution 51: 845-852.
  • Marita J., Rodriguez J.M., Nienhuis J. 2000. Development of an algorithm identifying maximally diverse core collections. Genetic Resources and Crop Evolution 47: 515-526.
  • SAS Institute Inc. 2004. SAS OnlineDoc® 9.1.3. Cary, NC.
  • Upadhyaya H., Dwivedi S., Gowda C., Singh S. 2007. Identification of diverse germplasm lines for agronomic traits in a chickpea (Cicer arietinum L.) core collection for use in crop improvement. Field Crops Research 100: 320-326.
  • Upadhyaya H.D., Pendir R.P.S., Dwivedi S.L., Gowda C.L.L., Reddy V.G., Singh S. 2009. Developing a mini core collection of sorghum for diversified utilization of germplasm. Crop Sci. 49: 1769-1780.
  • Van Hintum T., Brown A., Spillane C., Hodgkin T. 2000. Core collections of plant genetic resources. PGRI Technical Bulletin No. 3. International Plant Genetic Resources Institute, Rome.
  • Wang J.C., Hu J., Хu H.M., Zhang S. 2007. A strategy on constructing core collections by least distance stepwise sampling. Theor. Appl. Genet. 115: 1-8.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.dl-catalog-ca095b91-e654-4792-8332-92e6e7dd3622
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.