Analiza zróżnicowania genetycznego marchwi z wykorzystaniem sekwencji mikrosatelitarnych

• Autorzy: Maksylewicz-Kaul A. , Grzebelus D. , Nothnagel T. , Baranski R.

Warianty tytułu

EN

Assessment of carrot genetic diversity using microsatellite markers

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Wykonano analizę zmienności genetycznej kolekcji 37 obiektów marchwi jadalnej Daucus carota L. subsp. sativus o zróżnicowanym pochodzeniu przy wykorzystaniu markerów mikrosatelitarnych. Reakcje PCR przeprowadzono ze specyficznymi starterami flankującymi sekwencje tandemowe, a uzyskane produkty amplifikacji wizualizowano w żelach agarozowych i poliakrylamidowych. Rozdział w poliakrylamidzie pozwolił na identyfikację blisko dwa razy większej liczby alleli w badanej kolekcji niż rozdział w agarozie. Analiza składowych głównych pozwoliła na zobrazowanie zmienności genetycznej badanej kolekcji. Wyróżniono dwie grupy obiektów, bardzo zróżnicowaną grupę odmian pochodzących z Azji kontynentalnej oraz grupę odmian europejskich i wywodzących się z nich odmian japońskich. Ponadto markery SSR wskazały na odrębność genetyczną obiektów występujących w kolekcji banku genów pod tą samą nazwą.

EN

Genetic diversity of 37 carrot (Daucus carota L. subsp. sativus) accessions of various origin was assessed using microsatellite (SSR) markers. The PCR reactions were carried out using primers flanking tandem repeats and the obtained amplified products were visualised in agarose and polyacrylamide gels. After separation in polyacrylamide the number of identified alleles was almost doubled in comparison to the separation in agarose. Principal component analysis was used to display genetic diversity of the collection. Two main groups were distinguished, first one, a very diverse group of accessions from Continental Asia, and the second one of European and originating from them Japanese cultivars. Moreover, the SSR markers revealed genetic distinctness of accessions described by the same name in the gene bank collection.

Słowa kluczowe

PL

banki genow; kolekcje roslin; marchew; markery mikrosatelitarne; metody analizy; odmiany hodowlane; odmiany roslin; pochodzenie roslin; zmiennosc genetyczna; zroznicowanie genetyczne

EN

gene bank; plant collection; carrot; microsatellite marker; analysis method; breeding cultivar; plant cultivar; plant origin; genetic variability; genetic differentiation

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2010
• Tom: 555
• Opis fizyczny: s.289-298,rys.,tab.,fot.,bibliogr.

Twórcy

autor

Maksylewicz-Kaul A.

• Katedra Genetyki, Hodowli i Nasiennictwa, Uniwersytet Rolniczy im.H.Kołłątaja, al.29 Listopada 54, 31-425 Kraków

autor

Grzebelus D.

autor

Nothnagel T.

autor

Baranski R.

Bibliografia

• Bradeen J.M., Bach I.C., Briard M., LeClerc V., Grzebelus D., Senalik D.A., Simon P.W. 2002. Molecular diversity analysis of cultivated carrot (Daucus carota L.) and wild Daucus populations reveals a genetically nonstructured composition. J. Amer. Soc. Hort. Sci. 127: 383-391.
• Bradeen J.M, Simon P.W. 2007. Carrot, w: Genome mapping and molecular breeding in plants. Kole C. (red.), Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, 5: 161-184.
• Gilbert J.E., Lewis R.V., Wikinson M.J., Caligari P.D.S. 1998. Developing an appropriate strategy to assess genetic variability in plant germplasm collections. Theor. Appl. Genet. 98: 1125-1131.
• Gupta P.K., Varshney R.K. 2000. The development and use of microsatellite markers for genetic analysis and plant breeding with emphasis on bread wheat. Euphytica 113: 163-185.
• LeClerc V., Suel A., Briard M. 2005. Identification of duplicates for the optimization of carrot collection management. Biodiversity and Conservation 14: 1211-1223.
• Macko-Podgórni A., Rakoczy R., Maksylewicz-Kaul A., Nothnagel T., Barański R., Grzebelus D. 2009. Ocena zróżnicowania genetycznego kolekcji zasobów genowych marchwi (Daucus carota L.) w oparciu o polimorfizm insercji transpozonów DcMaster. Zesz. Probl. Post. Nauk Rol. 555: 215-222.
• Niemann M. 2001. Entwicklung von Mikrosatelliten-Markern bei der Möhre (Daucus carota L.) und die Markierung eines Alternaria-Resistenzgens. Berichte aus der Agrarwissenschaft. Shaker Verlag, Aachen. Rozprawa doktorska: 91 ss.
• Peakall R., Smouse P.E. 2006. GenAlex 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Mol. Ecol. Notes 6: 288-295.
• Peterson C.E., Simon P.W., Rubatzky V.E., Strandberg J.O. 1988. Beta III carrot. HortScience 23: 917.
• Sánchez-Pérez R., Ballester J., Dicenta F., Arús P., Martínez-Gómez. 2006.
• Comparision of SSR polymorphisms using automated capillary sequencers, and polyacrylamide and agarose gel electrophoreses: Implications for the assessment of genetic diversity and relatedness in almond. Scientia Hort. 108: 103-316.
• Shim S.I., Jřrgensen R.B. 2000. Genetic structure in cultivated and wild carrots (Daucus carota L.) revealed by AFLP analysis. Theor. Appl. Genet. 101: 227-233.
• Simon P.W., Freeman R.E., Vieira J.V., Boiteux L.S., Briard M., Nothnagel T., Michalik B., Kwon Y-S. 2008. Carrot, w: Handbook of plant breeding. Prohens J. i Nuez F. (red.), Springer, New York 2: 327-357.
• Simon P.W., Goldman I.L. 2006. Carrot, w: Genetic resources, chromosome engineering, and crop improvement series. Vegetable crops. Singh R.J. (red.), CRC Press, New York 3: 497-517.
• St. Pierre M.D., Bayer R.J. 1991. The impact of domestication on the genetic variability in the orange carrot, cultivated Daucus carota ssp. sativus and the genetic homogeneity of various cultivars. Theor. Appl. Genet. 82: 249-253.
• Varshney R.K., Graner A., Sorrells M.S. 2005. Genic microsatellite markers in plants: features and applications. Trends Biotechnol. 23: 48-55.